Αν και μεγάλος δούκας και ισχυρή προσωπικότητα που επηρέασε τη ζωή της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας, στα μέσα του 14ου αιώνα, ο Ιωάννης Ευνούχος δεν είναι ένα πρόσωπο ευρέως γνωστό. Δωρητής και κτήτορας μονών του Πόντου αλλά και πέραν αυτού, έχει συνδέσει το όνομά του με την ίδρυση των μοναστηριών της Θεοσκεπάστου στην Τραπεζούντα και του Φάρου στην Περατεία –το υπερπόντιο έδαφος της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας, που περιλαμβάνει τις πόλεις της Κριμαϊκής Χερσονήσου, Κερτς και την ενδοχώρας τους–, αλλά και με δωρεές στην Παναγία Σουμελά στη Ματσούκα.
Ο Ιώαννης Ευνούχος ήταν αξιωματούχος της Τραπεζούντας, που ωστόσο εικάζεται πως δεν ανήκε σε κάποια από τις επιφανείς αριστοκρατικές οικογένειες της πόλης και άρα η ανέλιξή του στην ιεραρχία οφειλόταν στις ικανότητές του.
Ζούσε στα Λίμνια, στις ακτές του Εύξεινου Πόντου, που ήταν και ναυτική βάση.
Όπως αναφέρει η Εγκυκλοπαίδεια Μείζονος Ελληνισμού για τη Μικρά Ασία, «μνημονεύεται για πρώτη φορά στις πηγές σε σχέση με τα γεγονότα που ακολούθησαν την αλλαγή στο θρόνο της Τραπεζούντας, όταν μετά τις βραχύχρονες διακυβερνήσεις του Ανδρόνικου Γ΄ Μεγάλου Κομνηνού (1332-1332) και του Μανουήλ Β΄ Μεγάλου Κομνηνού (Ιανουάριος-Σεπτέμβριος 1332) στο θρόνο ανέβηκε ο Βασίλειος Μέγας Κομνηνός (1332-1340).
»Ο νέος αυτοκράτορας στηριζόταν στη βυζαντινή υποστήριξη και στην υποστήριξη μερίδας αρχόντων φιλοβυζαντινής τοποθέτησης. Είναι χαρακτηριστικό ότι την ανάρρησή του στο θρόνο ακολούθησαν μέτρα εναντίον της τοπικής αριστοκρατίας μη ελληνικής καταγωγής, ενώ πριν περάσει πολύς καιρός ο Βασίλειος νυμφεύτηκε την Ειρήνη Παλαιολογίνα, εξώγαμη κόρη του Βυζαντινού αυτοκράτορα Ανδρόνικου Γ΄ Παλαιολόγου.
»Σύμφωνα με πληροφορίες του Μιχαήλ Πανάρετου, στις 21 Φεβρουαρίου του 1333 ο μέγας δουξ Ιωάννης έλαβε μέρος στα επεισόδια στα οποία δολοφονήθηκε ο πρόσφατα ανατραπείς αυτοκράτορας Μανουήλ Β΄ Μέγας Κομνηνός. Το γεγονός αυτό υποδεικνύει τη φιλοβυζαντινή τοποθέτηση και του ίδιου του ευνούχου Ιωάννη, υπόθεση που επιβεβαιώνεται εξάλλου και από μεταγενέστερα γεγονότα».
Μερικά χρόνια αργότερα ο ευνούχος Ιωάννης αναμείχθηκε στον εμφύλιο πόλεμο στην Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας, υποστηρίζοντας την Ειρήνη Παλαιολογίνα.
Η Ειρήνη, σύζυγος του Βασιλείου Μεγάλου Κομνηνού, ανέλαβε το θρόνο μετά τον αιφνίδιο θάνατο του Βασιλείου στις 6 Απριλίου του 1340. Το γεγονός ότι δεν ήταν νόμιμος διάδοχος του θρόνου της Τραπεζούντας αφενός (εφόσον δεν καταγόταν από τον οίκο των Μεγάλων Κομνηνών) και οι ισχυροί δεσμοί της με το Βυζάντιο από όπου ζητούσε βοήθεια αφετέρου έστρεψαν μερίδα της τοπικής αριστοκρατίας εναντίον της. Στις συγκρούσεις που ξέσπασαν, ο μέγας δούκας Ιωάννης, παίρνοντας το μέρος της Ειρήνης, εκδήλωσε για μιαν ακόμα φορά φιλοβυζαντινή διάθεση.
Στις πηγές αναφέρεται ότι στις 2 Ιουλίου 1340 ο Ιωάννης έφθασε από το φρούριο των Λιμνίων στην Τραπεζούντα με μεγάλο στρατό. Στη σύγκρουση που ακολούθησε πυρπολήθηκε η μονή του Αγίου Ευγενίου και όλα τα γύρω κτήρια καταστράφηκαν από την πυρκαγιά. Ο Ιωάννης Ευνούχος συνέλαβε ορισμένους επιφανείς εκπροσώπους της αντίπαλης πλευράς στον εμφύλιο πόλεμο, μεταξύ άλλων και τον άρχοντα Τζανιχίτην, τον οποίον οδήγησε στα Λίμνια, όπου αργότερα ο τελευταίος εκτελέστηκε.
Στον ίδιο τόπο, τον Μάρτιο του 1344, δολοφονήθηκε ο Ιωάννης Ευνούχος κάτω από αδιευκρίνιστες συνθήκες.
Είναι πάντως λογικό να υποθέσουμε ότι επρόκειτο για ενέργεια των πολιτικών του αντιπάλων, καθώς ο μέγας δουξ ήταν υπεύθυνος για την κράτηση στα Λίμνια του Μιχαήλ Μεγάλου Κομνηνού, ο οποίος στέφθηκε αυτοκράτορας μετά το θάνατο του Ιωάννη.
