Πρωταγωνιστής στον Μακεδονικό Αγώνα ως μητροπολίτης Καστοριάς, ενορχηστρωτής του αντάρτικου στον Πόντο –σύμφωνα με τον ίδιο τον Μουσταφά Κεμάλ– ως μητροπολίτης Αμασείας.
Ο Γερμανός Καραβαγγέλης για την πατριωτική του δράση συνελήφθη από τους Τούρκους και φυλακίστηκε το 1917.
Επέστρεψε στη θέση του αλλά το 1922, μιας και θεωρούνταν υπ’ αριθμόν ένα εχθρός του Μουσταφά Κεμάλ, καταδικάστηκε σε θάνατο, το ίδιο και οι συνεργάτες του, ο επίσκοπος Ζήλων Ευθύμιος Αγριτέλλης και ο πρωτοσύγκελος Πλάτωνας Αϊβαζίδης. Ο μητροπολίτης ήταν ο μόνος που γλίτωσε καθώς τη στιγμή της καταδίκης ήταν εν πλω επιστρέφοντας από το Βουκουρέστι.
Η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου για να τον σώσει τον εξέλεξε μητροπολίτη Ιωαννίνων και με εντολή του Πατριάρχη δεν αποβιβάστηκε στην Κωνσταντινούπολη αλλά στην Αθήνα.
«Σας παρακαλώ να διαλαλήσητε τα κακουργήματα των Τούρκων»
Αυτή η persona non grata για τους Τούρκους είχε δώσει πολλές… αφορμές. Στα σαλόνια ο μητροπολίτης Αμάσειας έκανε διπλωματικό μαραθώνιο, αλλά παράλληλα βοηθούσε τους αντάρτες.
Τον Δεκέμβριο του 1918 έστειλε στον πρόεδρο της Επιτροπής των Αλυτρώτων Ελλήνων του Πόντου Κωνσταντίνο Κωνσταντινίδη επιστολή, ένα κείμενο που σήμερα θεωρείται μνημειώδες καθώς κάνει αναφορά στη Γενοκτονία των Αρμενίων και παρουσιάζει τον τρόπο με τον οποίο οργανώθηκε η Γενοκτονία στον Πόντο.
Άριστος γνώστης της τουρκικής πραγματικότητας και διορατικός, καταγράφει το σχέδιο εθνοκάθαρσης με σαφήνεια. Μιλά για τις εξοντώσεις των πληθυσμών, τα τάγματα εργασίας, τις λεηλασίες των περιουσιών, τους μαζικούς εξισλαμισμούς, τους εκτοπισμούς και τις λευκές πορείες θανάτου, τις πυρπολήσεις και τις καταστροφές.
Στην επιστολή του μιλά ακόμα για τις συλλήψεις των εμπόρων παραμονές των Χριστουγέννων του 1916 και όσων πήγαιναν στις εκκλησίες ανήμερα της Πρωτοχρονιάς του 1917. Ιδιαίτερη μνεία κάνει στον «σφαγέα Ρεφέτ Πασά», που παρέδιδε στις φλόγες τα χωριά που εκκενώνονταν.
Μάρτυρας όλων αυτών ήταν ο ίδιος ο μητροπολίτης Αμασείας, που πήγαινε στα χωριά και έβρισκε μπροστά του μόνον ερείπια, απελπισία, σκελετούς και μερικά γυναικόπαιδα κρυμμένα σε σπηλιές.
«Η αράχνη έπλεκεν ησύχως τον ιστόν και η γλαύξ έψαλλε το νεκρώσιμον άγγελμα. […] Πιστεύσατέ με, αγαπητέ κύριε Κωνσταντινίδη, ότι εκ των 160.000 κατοίκων του Πόντου οι οποίοι μετετοπίσθησαν, το δέκατον, εις τινά δε μέρη το εικοστόν, μόνον επέζησεν», σημείωνε στην επιστολή του.
«Σας παρακαλώ να διαλαλήσητε urbi et orbi τα κακουργήματα των Τούρκων, μοναδικά εν τη ιστορία», ικέτευε τον παραλήπτη.
Και συνέχιζε: «Πηγαίνετε, αδελφοί μου, κλαύσατε, διαμαρτυρηθείτε, κτυπήσατε εις τας θύρας των ισχυρών της γης, παραπονεθείτε, ικετεύσατε, αποθάνατε εν ανάγκη, ως απέθανον και οι συμπατριώται σας, διότι ο ελληνισμός είχε το ατύχημα με πολύ αίμα και πολλάς θυσίας να αποκτήση μόνον μέρος της εθνικής του αναγεννήσεως».
Λίγο καιρό αργότερα, μέσα στο 1919, αυτή η επιστολή του Γερμανού Καραβαγγέλη τυπώθηκε σε χιλιάδες αντίτυπα, στα γαλλικά και στα αγγλικά. Ο τίτλος του φυλλαδίου ήταν «Αι ωμότητες των Τούρκων εις τον Εύξεινον Πόντον» και στόχος του να κινητοποιηθεί ο πολιτισμένος κόσμος.
