Ο Βασίλης Καλαφάτης γεννήθηκε στην Ευπατορία του Εύξεινου Πόντου στις 10 Φεβρουαρίου 1869, και ήταν ένα από τα δώδεκα παιδιά μιας πολύτεκνης ελληνικής οικογένειας. Πατέρας του ήταν ο Παύλος Καλαφάτης, κατά καιρούς έμπορος, επιχειρηματίας, δάσκαλος. Η μητέρα του ήταν Αλεξάνδρα Χρυσικοπούλου.
Η Ευπατορία είναι μια πόλη της Κριμαίας, στη θέση της οποίας υπήρχε η αρχαία πόλη Κερκινίτις. Στον Μεσαίωνα πέρασε από τους Βυζαντινούς στους Τατάρους και κατόπιν στους Οθωμανούς.
Με την κατάκτησή της από τους Ρώσους, το 1784, η πόλη μετονομάστηκε σε Ευπατορία προς τιμήν του βασιλιά του Πόντου Μιθριδάτη ΣΤ’ του Ευπάτορος, ο οποίος προστάτευε την περιοχή από τις επιθέσεις των λαών της στέπας.
Ο Βασίλης εμφάνισε από νωρίς την κλίση του στη μουσική. Στην ηλικία των 8 ετών άρχισε να μαθαίνει πιάνο και να συνοδεύει με αυτό τη σχολική χορωδία στην οποία συμμετείχε.
Εξίσου νωρίς εκδηλώθηκε η κλίση του στη σύνθεση, καθώς έκανε τις πρώτες του συνθετικές απόπειρες στα 18 του χρόνια.
Μαθήτευσε στην Ευπατορία κοντά στον Γκούσταβ Λεό του Ωδείου της Λειψίας από το 1889 έως το 1892. Αμέσως μετά εγκαταστάθηκε στην Αγία Πετρούπολη, όπου εισήχθη στο ονομαστό για την εποχή Ωδείο της πόλης. Από το 1893 έως το 1899 ήταν υπότροφος, και ολοκλήρωσε τον κύκλο των μουσικών σπουδών του με τον τίτλο του «ελεύθερου καλλιτέχνη».
Κατά τη διάρκεια των σπουδών του στο Ωδείο της Αγίας Πετρούπολης εργάστηκε πάνω στη σύνθεση Συμφωνία σε λα ελάσσονα, την οποία διηύθυνε ο ίδιος στην πρώτη της εκτέλεση, μετά την αποφοίτησή του, στις 4 Ιουλίου 1899 στο συναυλιακό κέντρο Παβλόφσκ – έναν σημαντικό μουσικό χώρο της εποχής. Την ίδια περίοδο συνέθεσε την μονόπρακτη όπερα Οι τσιγγάνοι, βασισμένη σε ποίημα του μεγάλου Ρώσου ποιητή Αλεξάντρ Πούσκιν.
Ο Καλαφάτης διορίστηκε στο Ωδείο της Αγίας Πετρούπολης το 1900, όπου δούλεψε ως το 1929. Αρχικά εργάστηκε στα διοικητικά και σε θέσεις γραφείου και κατόπιν ως καθηγητής αρμονίας, αντίστιξης, φούγκας, μουσική σημειογραφίας και σύνθεσης.
Το 1907 τιμήθηκε με το Βραβείο Γκλίνκα – από τις σημαντικότερες μουσικές διακρίσεις της εποχής.
Το 1928 η συμφωνική-χορωδιακή του Légende, ένα έργο βασισμένο στο θεματικό υλικό του Σούμπερτ, απέσπασε το β’ βραβείο στον διεθνή διαγωνισμό που οργάνωσε η εταιρεία Columbia Graphophone με αφορμή την εκατονταετηρίδα του θανάτου του μεγάλου Σούμπερτ.
Η διεθνής φήμη του Καλαφάτη ως μουσικού παιδαγωγού υπερέβη αυτήν του συνθέτη. Από τα χέρια του πέρασαν πάνω από 170 μαθητές προερχόμενοι από τη Ρωσία, την Ουκρανία, τη Γεωργία, την Αρμενία, το Αζερμπαϊτζάν, την Εσθονία, την Ευρώπη και τις ΗΠΑ.
Ως δάσκαλος ήταν αυστηρός και μεθοδικός, χωρίς ωστόσο να επιβάλει στους μαθητές του ένα συγκεκριμένο μουσικό ύφος.
Τους πρόσφερε τα «εργαλεία» για να μπορούν να ελέγχουν τη φόρμα, την αρμονική ακολουθία, την πολυφωνία και την ενορχήστρωση. Ανέθρεψε μια πολυεθνική γενιά συνθετών που αργότερα διαμόρφωσε τις διάφορες εθνικές σχολές της υφηλίου. Επίσης δεν περιορίστηκε στη διδασκαλία, αλλά συνέγραψε και ο ίδιος αξιόλογο εκπαιδευτικό υλικό. Το 1911 εξέδωσε τον Σύντροφο του μουσικού – έναν πρακτικό οδηγό του μουσικού με λεξικογραφικό και θεωρητικό χαρακτήρα.
Όσον αφορά την προσωπική του ζωή, ήταν παντρεμένος με την Ευγενία Λβόβνα Μπερνστάιν, με την οποία απέκτησε δύο τέκνα: τον Ανατόλι, ο οποίος ασχολήθηκε με τη μουσική και αργότερα φρόντισε την καταγραφή του αρχείου του πατέρα του, και τη Λίντια, η οποία ακολούθησε επιστημονική σταδιοδρομία ως Γεωλόγος. Ο γάμος αυτός ωστόσο διαλύθηκε στα χρόνια της Οκτωβριανής Επανάστασης. Αργότερα ο Καλαφάτης συνδέθηκε ερωτικά με την Όλγα Μόρισον, με την οποία απέκτησε έναν γιο, τον Μιχαήλ.
Ζώντας ανάμεσα στην πολυεθνική ελίτ της Αγίας Πετρούπολης ο Καλαφάτης δεν αφελληνίστηκε. Τα προσωπικά του έγγραφα και οι οικογενειακές μαρτυρίες δηλώνουν περηφάνια για την καταγωγή του, ενώ το 1936 ενσωμάτωσε τη Σαμιώτισσα σε έργο του για δύο ανδρικές φωνές και πιάνο.
Μετά την επικράτηση του κομμουνισμού ο Καλαφάτης συνέχισε να ζει στην Αγία Πετρούπολη και να εργάζεται στο Ωδείο. Σε αντίθεση με τους περισσότερους διακεκριμένους συναδέλφους του που εγκατέλειψαν τη χώρα –άλλοι από φόβο για τη ζωή τους και άλλοι λόγω της πνευματικής ανελευθερίας που επέβαλε στη μουσική το νέο καθεστώς–, αυτός επιχείρησε να προσαρμοστεί στα νέα πολιτικά δεδομένα χωρίς να μεταβάλει τις αισθητικές του αρχές.
Η θέση του στο Ωδείο έγινε δύσκολη προς το τέλος της δεκαετίας του 1920, όταν αναδιοργανώθηκε το πρόγραμμα των σπουδών και άρχισε να απομακρύνεται από τις παλαιότερες μεθόδους διδασκαλίας. Το 1929 αρνήθηκε να συμμετάσχει στη διαδικασία επανεκλογής των καθηγητών και παραιτήθηκε.
Αποσύρθηκε στην οικογενειακή του ζωή, χωρίς ωστόσο να σταματήσει να συνθέτει.
Ο Β’ Παγκόσμιος Πόλεμος τον βρήκε στην υπό γερμανική πολιορκία της πόλης τον Σεπτέμβριο του 1941. Αλλά και τότε, ακούραστος, συνέχιζε να συνθέτει και ολοκλήρωσε ένα οκτέτο. Το δε εμβατήριό του Τα άστρα του Κρεμλίνου απέσπασε β’ βραβείο σε διαγωνισμό πολεμικής μουσικής και μεταδόθηκε από το ραδιόφωνο.
Ηλικιωμένος πιά, παρέμενε στο διαμέρισμά του με την Όλγα Μόρισον και τον νεαρό γιο τους Μιχαήλ, μέσα σε συνθήκες πείνας, ψύχους και κατάρρευσης των βασικών υποδομών. Ο Μιχαήλ, ένας προικισμένος και πολλά υποσχόμενος νεαρός μουσικός, πέθανε από ασιτία. Λίγο αργότερα, την 20ή Μαρτίου του 1942 πέθανε και ο ίδιος ο Βασίλης Καλαφάτης από τις κακουχίες και την πείνα.
Σύμφωνα με τη μαρτυρία της Όλγας, τα τελευταία του λόγια ήταν: «Τι κρίμα…».
Μετά τον πόλεμο, ένα μεγάλο μέρος του αρχείου του μεγάλου μουσικού πέρασε στον πρωτότοκο γιο του, Ανατόλι: χειρόγραφα, εκδόσεις, επιστολές, πάνω από 160 συνθέσεις και άλλα τεκμήρια. Το κύριο μέρος του αρχείου ανακτήθηκε τελικά από το Ιόνιο Πανεπιστήμιο.
