Το πρωινό της 5ης Απριλίου 1944, παραμονές Μεγάλης Εβδομάδας, τίποτα δεν προμήνυε το αιματοκύλισμα που θα ακολουθούσε. Όλα ξεκίνησαν όταν μια ομάδα ανταρτών με επικεφαλής τον καθηγητή φιλολογίας Αλέξη Ρόσιο, από τη Σιάτιστα, γνωστό και ως καπετάν Υψηλάντη, έστησαν ενέδρα σε μια γερμανική αυτοκινητοπομπή που επρόκειτο να περάσει κατευθυνόμενη από την Καστοριά στο Αμύνταιο για να παραλάβει προμήθειες. Οι αντάρτες έστησαν ενέδρα στους Γερμανούς στην περιοχή Νταούλι. Από τα πυρά τους δύο Γερμανοί στρατιώτες έπεσαν νεκροί.
Στη συνέχεια οι αντάρτες ακρωτηρίασαν τους μοτοσικλετιστές και τους εγκατέλειψαν αιμόφυρτους, παραταγμένους σε στάση προσοχής στη γέφυρα.
Οι ανυποψίαστοι κάτοικοι της γειτονικής Κλεισούρας έμελλε να πληρώσουν πρωτοφανή φόρο αίματος για να ξεθυμάνει η οργή των κατακτητών. Το διαβολικό σχέδιο των Ναζί μπήκε αμέσως σε εφαρμογή, υπό τις διαταγές του Καρλ Σίμερς, διοικητή του 7ου Τεθωρακισμένου Συντάγματος Αστυνομίας Γρεναδιέρων SS.
Προπομποί των Γερμανών στρατιωτών έφτασαν στην Κλεισούρα και καθησύχασαν τον πληθυσμό ότι δεν θα προέβαιναν σε αντίποινα. Από τις μαρτυρίες προκύπτει ότι οι κάτοικοι τους πίστεψαν, δεδομένου ότι στο χωριό είχαν μείνει μόνο γυναικόπαιδα και ανήμποροι γέροντες. Οι άνδρες είχαν ήδη διαφύγει στα γύρω βουνά και στο Μοναστήρι της Παναγίας, με την ελπίδα ότι οι Γερμανοί δεν θα πείραζαν γυναίκες και παιδιά.
Στις 15:00, όμως, το σύνθημα του φονικού δόθηκε με μια φωτοβολίδα.
Σύμφωνα με τις περιγραφές, οι άντρες των SS ξεχύθηκαν στο χωριό και άρχισαν να πυροβολούν. Μαζί τους δρούσαν και Βούλγαροι κομιτατζήδες, υπό την καθοδήγηση του αρχικομιτατζή Κάλτσεφ. Σκότωναν χωρίς σταματημό και χωρίς έλεος. Έσφαξαν εγκυμονούσες γυναίκες, παιδιά που έτρεχαν στους δρόμους, ηλικιωμένους και νεαρές κοπέλες. Κανείς δεν μπόρεσε να τους σταματήσει. Ο παπα-Γιώργης Μήτρας που με το σταυρό στο χέρι επικαλέστηκε το έλεός τους, εκτελέστηκε και κατακρεουργήθηκε.
Μέσα σε δύο ώρες 280 άμαχοι σκοτώθηκαν με διάφορους φριχτούς τρόπους και 40 τραυματίστηκαν. Την τελευταία στιγμή σώθηκαν επτά γυναίκες, που είχαν οδηγηθεί στο εκτελεστικό απόσπασμα. Λίγο πριν πατήσουν οι Γερμανοί τη σκανδάλη, μια δεύτερη φωτοβολίδα σήμανε το τέλος της φονικής επιχείρησης.
Κατά τις μαρτυρίες, όσοι επέζησαν αναγκάστηκαν να θάψουν τους νεκρούς τους στις αυλές των σπιτιών τους, ακόμα και στις βουνοπλαγιές, αφού ήταν αδύνατο στο νεκροταφείο του χωριού να βρεθεί επαρκής χώρος για 280 σορούς.
Από το μένος των επιδρομέων δεν γλίτωσαν ούτε τα κτήρια.
Εκατοντάδες σπίτια πυρπολήθηκαν, και μαζί η εκκλησία, το γυμνάσιο και η βιβλιοθήκη της Κλεισούρας.
Τη φρίκη της σφαγής στην Κλεισούρα δεν μπόρεσαν να προσπεράσουν ακόμα και επιτελείς του Γ’ Ράιχ.
Ο Χέρμαν Νόιμπαχερ, πολιτικός εντεταλμένος του Γ’ Ράιχ στα Βαλκάνια, χαρακτήρισε την επιχείρηση στην Κλεισούρα «παράλογο λουτρό αίματος» και επισήμανε με οργή πως οι φρικαλεότητες που διαπράχθηκαν παρέβαιναν τις πάγιες διαταγές περί αντιποίνων του Ανώτερου Στρατιωτικού Διοικητή Νοτιοανατολικής Ευρώπης, στρατάρχη Μαξιμίλιαν φον Βάικς.
Μετά τον πόλεμο απονεμήθηκε στους κατοίκους της Κλεισούρας ο Πολεμικός Σταυρός Α’ τάξης, και ο Σύλλογος Απανταχού Κλεισουριέων «Άγιος Μάρκος» ανήγειρε μνημείο προς τιμήν των νεκρών, όπου κάθε χρόνο τελούνται εκδηλώσεις στη μνήμη των αδικοχαμένων θυμάτων της ναζιστικής θηριωδίας.
