Την παραίτηση του από τη θέση του γενικού γραμματέα Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων υπέβαλε ο Κωστής Παπαϊωάννου αμέσως μετά την αποχώρηση από το υπουργείο Δικαιοσύνης του Νίκου Παρασκευόπουλου.
Η παραίτηση του έγινε αποδεκτή από το νέο υπουργό Σταύρο Κοντονή, ο οποίος και ευχαρίστησε τον Κ. Παπαϊωάννου για τις υπηρεσίες του.
Να σημειωθεί ότι ο παρατηθείς γγ Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων είχε ασχοληθεί με τη θεσμοθέτηση του συμφώνου συμβίωσης για τα ομόφυλα ζευγάρια και είχε επικριθεί γι’ αυτό, ενώ όπως ανέφερε στη δήλωση παραίτησης του «το νομοσχέδιο για την αναγνώριση της ταυτότητας φύλου είναι σχεδόν έτοιμο για δημόσια διαβούλευση».
Άφησε ωστόσο και ορισμένες αιχμές στο τέλος της δήλωσης του. «Κλείνω αυτόν τον κύκλο με τη βεβαιότητα πως στη σημερινή συγκυρία κάθε θεσμική υποχώρηση κοστίζει πολύ ακριβά, είτε αφορά στις σχέσεις κράτους και Εκκλησίας είτε στα θεμελιώδη δικαιώματα των προσφύγων. Όμως η προσπάθεια για τη διασφάλιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων είναι διαρκής. Στην προσπάθεια αυτή θα είμαι παρών», ανέφερε χαρακτηριστικά.
