Ο Παύλος Κουντουριώτης χρημάτισε Πρόεδρος της Δημοκρατίας, αντιβασιλέας, υπουργός Ναυτικών και Αρχηγός ΓΕΝ, τον έχουμε ταυτίσει με την Ύδρα, το Πολεμικό Ναυτικό και το θωρηκτό «Αβέρωφ», το 1900 ωστόσο έκανε κάτι το οποίο είναι γνωστό μόνο στους πολύ μυημένους.
Ως κυβερνήτης του εκπαιδευτικού καταδρομικού «Ναύαρχος Μιαούλης», πραγματοποίησε το διάπλου του Ατλαντικού Ωκεανού, για πρώτη φορά από συστάσεως του νέου ελληνικού κράτους.
Όπως γράφουν οι Στέφανος Μίλεσης & Παναγιώτης Τριπόντικας στο βιβλίο τους 1900,* η αποστολή αυτή είχε κύριο στόχο την παρουσίαση της ελληνικής σημαίας από το Πολεμικό Ναυτικό στους 60.000 ομογενείς των ΗΠΑ. Εκτελέστηκε κατά την περίοδο που για τη μικρή και πτωχευμένη (μετά τον ατυχή πόλεμο του 1897) Ελλάδα τέτοια εγχειρήματα θεωρούνταν πολυέξοδα και μη πραγματοποιήσιμα, ωστόσο παρά τις αντιξοότητες, ο Κουντουριώτης, οι αξιωματικοί και το πλήρωμα του «Ναύαρχος Μιαούλης» έφεραν σε πέρας το δύσκολο ταξίδι, διαπλέοντας τον Ωκεανό, για μεγάλο χρονικό διάστημα ακόμη και με ιστία για να μην καταναλώνουν καύσιμα, κατορθώνοντας έναν ναυτικό άθλο.
Γόνος ονομαστής και εύπορης οικογένειας, ο Παύλος Κουντουριώτης γεννήθηκε στην Ύδρα στις 9 Απριλίου 1855. Ήταν γιος του προξένου της Μάλτας Θεόδωρου Κουντουριώτη (1824-1870) και της Λουκίας Νεγρεπόντη (1831-1875), και εγγονός του καραβοκύρη και πολιτικού Γεώργιου Κουντουριώτη (1782-1858).
Μετά τις σπουδές του κατατάχθηκε στο Πολεμικό Ναυτικό (1874) και φοίτησε στο Ναυτικό Σχολείο, όπως ονομαζόταν τότε η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων. Αποφοίτησε το 1877 με το βαθμό του Δοκίμου Α’ και προήχθη διαδοχικά σε ανθυποπλοίαρχο (1881) και υποπλοίαρχο (1884).
Κατά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897, ως κυβερνήτης του «Αλφειός» προσέβαλε τουρκική εγκατάσταση στη Σκάλα Λεπτοκαρυάς Πιερίας, με απώλειες για το πλήρωμα του πλοίου του. Το 1899 προήχθη σε αντιπλοίαρχο, και το 1905 ονομάστηκε υπασπιστής του βασιλιά Γεωργίου Α’. Το 1909 προήχθη σε πλοίαρχο, διετέλεσε κυβερνήτης του θωρηκτού «Ύδρα», και το 1911 στάλθηκε στην Αγγλία για να παραλάβει το νεότευκτο θωρακισμένο καταδρομικό «Γεώργιος Αβέρωφ».
Από τις 5 Μαΐου έως την 1η Αυγούστου 1912 διατέλεσε αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού.
Λίγο πριν από την κήρυξη του Α’ Βαλκανικού Πολέμου τοποθετήθηκε αρχηγός του Στόλου του Αιγαίου (19 Σεπτεμβρίου 1912), τον οποίο αποτελούσαν σχεδόν όλες οι ελληνικές ναυτικές δυνάμεις. Στις 5 Οκτωβρίου 1912, ημέρα που ο ελληνικός στόλος απέπλευσε από τον Φαληρικό Όρμο, ο Παύλος Κουντουριώτης προήχθη σε υποναύαρχο.
Μία από τις πρώτες ενέργειες ήταν η κατάληψη της Λήμνου, όπου και εγκατέστησε τη βάση του ελληνικού στόλου (στον όρμο του Μούδρου). Η επιλογή της Λήμνου ως προκεχωρημένης βάσης και η ταχεία κατάληψή της συνέβαλαν στην εξασφάλιση της ελληνικής κυριαρχίας στο Αιγαίο, στον αποκλεισμό των εχθρικών παραλίων και στην παρεμπόδιση της μεταφοράς τουρκικού στρατού με πλοία στη Μακεδονία και τη Θράκη.
Ο Στόλος του Αιγαίου κατέλαβε διαδοχικά όλα τα νησιά του ανατολικού Αιγαίου –με εξαίρεση τα Δωδεκάνησα που ανήκαν στην Ιταλία– και κατανίκησε τον τουρκικό στόλο στις αποφασιστικές ναυμαχίες της Έλλης (3 Δεκεμβρίου 1912) και της Λήμνου (5 Ιανουαρίου 1913).
Κατά τον Β’ Βαλκανικό Πόλεμο, στον οποίο η Ελλάδα βρέθηκε αντιμέτωπη με τη Βουλγαρία, ο Κουντουριώτης, ως αρχηγός του στόλου, έλαβε μέρος σε επιχειρήσεις στα θρακικά παράλια. Λίγο προτού λήξει ο πόλεμος, προήχθη σε αντιναύαρχο (25 Μαΐου 1913) «δι’ εξαιρετικάς εν πολέμω υπηρεσίας». Υπήρξε, έτσι, ο πρώτος αξιωματικός του Πολεμικού Ναυτικού που έλαβε το βαθμό αυτόν «εν ενεργεία», μετά τον Κωνσταντίνο Κανάρη (23 Απριλίου 1865). Παρέδωσε την αρχηγία του στόλου στις 17 Αυγούστου 1914 και την άσκησε εκ νέου μεταξύ 9 Ιουλίου και 24 Σεπτεμβρίου 1915.
Διατέλεσε υπουργός Ναυτικών στις κυβερνήσεις Αλέξανδρου Ζαΐμη και Στέφανου Σκουλούδη (24 Σεπτεμβρίου 1915 – 9 Ιουνίου 1916) και γενικός υπασπιστής του βασιλιά Κωνσταντίνου. Διαφώνησε προς την πολιτική της ουδετερότητας που τηρούσε η Ελλάδα και ακολούθησε τον Ελευθέριο Βενιζέλο στα Χανιά και στη Θεσσαλονίκη, όπου διατέλεσε μέλος της τριμελούς Προσωρινής Επαναστατικής Κυβέρνησης (Σεπτέμβριος 1916 – Ιούνιος 1917).
Μετά την απομάκρυνση του βασιλιά Κωνσταντίνου, τη διαδοχή του από τον δευτερότοκο γιο του Αλέξανδρο και την εγκατάσταση της κυβέρνησης Βενιζέλου στην Αθήνα, διορίστηκε και πάλι υπουργός Ναυτικών (14 Ιουνίου 1917 – 2 Δεκεμβρίου 1919). Με ειδικό νόμο, που εκδόθηκε στις 23 Φεβρουάριου 1920, του απονεμήθηκε ο βαθμός του ναυάρχου.
Όταν πέθανε ο βασιλιάς Αλέξανδρος (12 Οκτωβρίου 1920), ο Κουντουριώτης ανέλαβε καθήκοντα αντιβασιλέα με απόφαση της Βουλής (15 Οκτωβρίου 1920). Από τα καθήκοντα αυτά παραιτήθηκε στις 4 Δεκεμβρίου και την αντιβασιλεία ανέλαβε η βασιλομήτωρ Όλγα, μετά την ήττα Βενιζέλου στις εκλογές της 1ης Νοεμβρίου.
Στις 8 Νοεμβρίου ο Κουντουριώτης αποστρατεύτηκε, ύστερα από ευδόκιμη θητεία 46 ετών στο Πολεμικό Ναυτικό.
Μετά την απομάκρυνση του βασιλιά Γεωργίου Β’, ανέλαβε και πάλι τα καθήκοντα του αντιβασιλέα με απόφαση του «Αρχηγού της Επαναστάσεως» Νικόλαου Πλαστήρα (19 Δεκεμβρίου 1923). Όταν, με ψήφισμα της Δ’ Συντακτικής Συνέλευσης, ανακηρύχθηκε η Αβασίλευτη Δημοκρατία στις 25 Μαρτίου 1924, του ανατέθηκε με το ίδιο ψήφισμα η εξακολούθηση των καθηκόντων του ρυθμιστή του πολιτεύματος, με τον τίτλο του «Κυβερνήτη».
Από τις 24 Μαΐου 1924 έλαβε τον τίτλο του Προέδρου της Δημοκρατίας. Στις 15 Μαρτίου 1926 παραιτήθηκε σε ένδειξη διαμαρτυρίας για την επιβολή δικτατορίας από τον στρατηγό Θεόδωρο Πάγκαλο, και ανέλαβε εκ νέου την άσκηση των καθηκόντων του στις 24 Αυγούστου, μετά την ανατροπή του Πάγκαλου από τον στρατηγό Κονδύλη.
Στις 4 Ιουνίου 1929 εξελέγη Πρόεδρος της Δημοκρατίας σε κοινή συνεδρίαση της Βουλής και της Γερουσίας. Ορκίστηκε την επομένη, αλλά στις 9 Δεκεμβρίου του ίδιου έτους παραιτήθηκε για λόγους υγείας. Η Βουλή και η Γερουσία με κοινό ψήφισμα εκδήλωσαν προς τον απερχόμενο πρόεδρο την «εθνική ευγνωμοσύνη» και του απένειμαν μηνιαία τιμητική σύνταξη 40.000 δραχμών.
Έκτοτε, ο Παύλος Κουντουριώτης αποσύρθηκε από τα κοινά και ιδιώτευσε. Πέθανε στο Παλαιό Φάληρο στις 22 Αυγούστου 1935, και τάφηκε, σύμφωνα με επιθυμία του, στη γενέτειρά του Ύδρα.
