Η Μικρασιατική Καταστροφή του 1922 και η άφιξη εκατοντάδων χιλιάδων Μικρασιατών προσφύγων στην Αθήνα και τον Πειραιά καθιστούσε επιτακτική την επίλυση των ζητημάτων περίθαλψής τους και την ενίσχυση των υγειονομικών δομών της χώρας. Στο πλαίσιο αυτό, με βασιλικό διάταγμα στα τέλη Ιουλίου του 1923 ιδρύθηκε το Νοσοκομείο Προσφύγων Αθηνών «δια την θεραπείαν προσφύγων και απόρων ιδιωτών πασχόντων εκ κοινών νοσημάτων».
Για τη στέγαση του νοσοκομείου επιτάχθηκε το κτήριο του Δ’ Στρατιωτικού Νοσοκομείου, στη Λεωφόρο Βασιλίσσης Σοφίας.
Πρώτος διευθυντής του ήταν ο Απόστολος Ορφανίδης, επίατρος, τέως διευθυντής του Στρατιωτικού Νοσοκομείου Σμύρνης, ο οποίος διατέλεσε και υπουργός Υγιεινής, Πρόνοιας και Αντιλήψεως. Για τη στελέχωση του ιδρύματος κλήθηκαν να εργαστούν οι διατελέσαντες νοσοκόμοι στα διάφορα ελληνικά νοσοκομεία στη Μικρά Ασία.
Το 1926 δημοσιεύτηκε ο πρώτος οργανισμός του νοσοκομείου. Σύμφωνα με τον οργανισμό, την εποπτεία και τον έλεγχο της λειτουργίας και διαχείρισης του νοσοκομείου ασκούσε εννεαμελής Εφορεία, τα πέντε μέλη της οποίας ήταν εκπρόσωποι των προσφύγων της Μικράς Ασίας, του Πόντου, της Κωνσταντινούπολης και της Ανατολικής Θράκης, καθώς και της Ένωσης Εφέδρων Μικράς Ασίας και Θράκης.
Το 1935 τερματίστηκε η ιστορική διαδρομή του Νοσοκομείου Προσφύγων Αθηνών, αφού με σχετικό διάταγμα καταργήθηκε και μετονομάστηκε σε Ιπποκράτειο Νοσοκομείο Αθηνών.
