Δικάστηκε και καταδικάστηκε από τα διαβόητα Δικαστήρια Ανεξαρτησίας και στις 23 Σεπτεμβρίου 1921 οδηγήθηκε στην αγχόνη για την εκτέλεση της ποινής: Ο Νικόλαος Μουρατίδης (ή Νικολαφέντης όπως ήταν γνωστός) ήταν ένας από τους επιφανείς Πόντιους που θεωρήθηκαν ένοχοι για εσχάτη προδοσία.
Ο πλουσιότερος Έλληνας του Ακ Νταγ Ματέν κρεμάστηκε μαζί με άλλους 22 Έλληνες στην πλατεία Ωρολογίου στην Αμάσεια.
Τον Μάιο του 1921 –σύμφωνα με ποντιακή βιβλιογραφία που βρέθηκε στο σπίτι του Δωρόθεου Μουρατίδη, αδερφού του Νικολάφεντη–, στο Ακ Νταγ Ματέν, μετά την καταστολή του αντικεμαλικού κινήματος, συνελήφθησαν 30 πρόκριτοι και έμποροι.
Βασική κατηγορία ήταν ότι αποτελούσαν τον πυρήνα του κινήματος για τη δημιουργία της Ανεξάρτητης Δημοκρατίας του Πόντου. Πρόσχημα των κεμαλικών για τις διώξεις τα δύο ορφανοτροφεία που ίδρυσε η οικογένεια Μουρατίδη για την περίθαλψη των ορφανών του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου. Μέσω αυτών θεωρήθηκε ότι συγκεντρώνονταν χρήματα για τον εξοπλισμό των αντάρτικων σωμάτων.
Ο Νικόλαος Μουρατίδης, που θεωρείται ένας σχετικά άγνωστος εθνομάρτυρας του Πόντου, εκτός των άλλων εμπορικών δραστηριοτήτων του, εκμεταλλευόταν περί τα 30.000 στρέμματα γης. Ένας από τους μύθους που συνοδεύουν το όνομά του είναι ότι είχε εμπορευθεί ακόμα και αυτοκίνητα.
Κοιτίδα της οικογένειας Μουρατίδη είναι το Σταυρίν, μία από τις πλέον ιστορικές κωμοπόλεις της Χαλδίας. Μετά την παρακμή των μεταλλείων της Αργυρούπολης (Γκιουμούσχανε), κάπου στα τέλη του 18ου αιώνα, έγιναν μία από τις οικογένειες που αποίκισαν το «Μεταλλείο του Λευκού Όρους», δηλαδή το Ακ Νταγ Ματέν. Αν και η συγκεκριμένη περιοχή δεν περιλαμβανόταν στα όρια του διεκδικούμενου Πόντου, εντούτοις θεωρούνταν ποντιακός οικισμός.
Πατέρας του Νικολάφεντη Μουρατίδη ήταν ο Αναστάς αγάς, ο οποίος είχε το προσωνύμιο Δίκαιος, καθώς όσοι είχαν προβλήματα με τις δοσοληψίες πήγαιναν σε εκείνον και τους έλυνε τις διαφορές. Σήμερα στη βιβλιογραφία υπάρχει μια αναφορά για κάποιον Αναστάσιο Μουρατίδη στους καταλόγους των ανταρτών της Μπάφρας· ίσως να πρόκειται για το ίδιο πρόσωπο. Αν ισχύει αυτή η εικασία, τότε εξηγείται ακόμα πιο εύκολα ο χρηματοδοτικός ρόλος του γιου στο αντάρτικο του Πόντου.
Το όνομα του Νικολάφεντη Μουρατίδη υπάρχει σε έναν μακρύν καϊτέ που τραγουδά ο Αλέξης Παρχαρίδης, και παίζει λύρα ο Αντώνης Παπαδόπουλος – περιλαμβάνεται στο δίσκο Πόντος, η δική μου γη. «Προσκλητήριο Ελλήνων ηρώων εκ Πόντου» ο τίτλος του.
