Ο Άνθιμος, κατά κόσμον Αλέξανδρος, γεννήθηκε στις 15 Ιανουαρίου του 1878 στο χωριό Καράκαγια της Αργυρούπολης. Οι γονείς του, ιερωμένος ο πατέρας του Ιάκωβος, και η Παρθένα, κατάγονταν από την οικογένεια Παπαδόπουλου (Κεσίσογλη) της ενορίας Μονοβάντων του Σταυρίν. Διάκονος από τα 18 στη μονή Αγίου Γεωργίου Χουτουράς Χαλδίας, ολοκλήρωσε τις γυμνασιακές σπουδές του στην Ιερατική Σχολή της Καισάρειας. Με τον μητροπολίτη Γερβάσιο, τον οποίον συνόδευσε στην νεοσύστατη εκκλησιαστική επαρχία Ροδόπολης, το 1903, έμεινε τρία χρόνια.
Το 1914 πήρε πτυχίο από τη Φιλοσοφική Αθηνών, έχοντας γίνει ήδη αρχιμανδρίτης από το 1911. Το διάστημα 1910-12 διετέλεσε διευθυντής του Ιεροδιδασκαλείου Σάμου και έπειτα, ως το 1914, του ιεροδιδασκαλείου Πρασαρίου στην Κερασούντα.
Η ενασχόλησή του με το Ιστορικό Λεξικό της Ακαδημίας Αθηνών άρχισε το 1915, όταν με το ξέσπασμα του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου δεν μπόρεσε να επιστρέψει στον Πόντο. Πολλά χρόνια αργότερα, το 1932, ανέλαβε τη διεύθυνση του Λεξικού και δούλεψε εκεί μέχρι τη συνταξιοδότησή του. Ήδη από το 1927 όμως ήταν και γραμματέας της Επιτροπής Ποντιακών Μελετών αλλά και διευθυντής του ιστορικού-λαογραφικού περιοδικού Αρχείον Πόντου. Πρόεδρος της ΕΠΜ έγινε μετά την απώλεια του Χρυσάνθου, το 1949 και παρέμεινε στο αξίωμα έως το θάνατό του το 1962. Το 1933 είχε ανακηρυχτεί διδάκτωρ της Φιλοσοφικής ενώ κατείχε υψηλές θέσεις και στην Επιστημονική Εταιρία των Αθηνών.
Αρθρογραφούσε επί σειρά ετών στο Αρχείον Πόντου και άλλες επιθεωρήσεις, στην ιστορία όμως έμεινε για τα σπουδαία συγγράμματά του Ιστορικόν Λεξικόν της Ποντικής Διαλέκτου και η Ιστορική Γραμματική της Ποντικής Διαλέκτου.
Το 1953 η Ακαδημία Αθηνών του απένειμε Αργυρό Μετάλλιο για την προσφορά του.
Ο Άνθιμος Παπαδόπουλος απεβίωσε στις 2 Φεβρουαρίου 1962.
