Πριν από την έναρξη της Επανάστασης ο νεαρός Δημήτριος βρισκόταν στο πλάι του πατέρα του απέναντι σε Βέρβερους και Αλγερινούς πειρατές, αργότερα όμως ο Ψαριανός πυρπολητής έγινε ο φόβος και ο τρόμος για το ναυτικό της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Ο Παππανικολής (ο ίδιος υπέγραφε με δύο πι στο επίθετό του, το ίδιο και ο πρωτότοκος γιος του, αν και σήμερα έχει επικρατήσει η γραφή με το ένα πι) πέθανε σε ηλικία 65 ετών. Και μπορεί οι περισσότεροι να νομίζουν ότι τα τελευταία χρόνια της ζωής του ήταν τόσο ένδοξα όσο τα χρόνια της νεότητάς του, αλλά αυτό απέχει πολύ από την πραγματικότητα.
Η επισημότητα της κηδείας και το αξίωμα του πλοιάρχου α’ τάξεως του βασιλικού ναυτικού δεν είναι ενδεικτικά της οικονομικής κατάστασης του Δημήτριου Παππανικολή, ο οποίος πέθανε όντας πρόεδρος του Ναυτοδικείου.
Αφότου προσέφερε ό,τι μπορούσε στην πατρίδα, ξεκίνησε έναν νέο αγώνα, αυτό την επιβίωσης της πολυμελούς οικογένειάς του. Αγόρασε ένα μπρίκι για εμπόριο, τον «Νέλσονα». Μετά την έλευση του Όθωνα η κυβέρνηση ενέταξε το σκάφος στον βασιλικό στόλο, αλλά τον διατήρησε στη θέση του κυβερνήτη. Στα χρόνια που ακολούθησαν πέρασε διάφορες περιπέτειες, αλλά δεν προσπάθησε να εξαργυρώσει τις υπηρεσίες που είχε προσφέρει. Άλλωστε δεκάδες αγωνιστές όχι μόνο επιβίωναν με πενιχρούς μισθούς, αλλά διέθεταν στην πατρίδα τη μικρή ή μεγάλη περιουσία τους.
Οι συμπατριώτες του Παπανικολή αναγνωρίζοντας το ήθος και τις ικανότητές του τον εξέλεξαν πληρεξούσιο των Ψαρών το 1843, όσο εκείνος προσπαθούσε να σπουδάσει τα παιδιά του ζώντας στερημένα. Όταν το Σάββατο 29 Ιανουαρίου 1855 ο ατρόμητος πυρπολητής έφυγε από τη ζωή αποκαλύφθηκε το δράμα της οικογένειας, την οποία ο Τύπος περιέγραψε ως «αξίαν οικτιρμού και πάσης δυνατής περιθάλψεως».
Η χήρα του Μαρούσα και τα πέντε παιδιά του έμειναν χωρίς σύνταξη, να ζουν σε ένα υπόγειο του Πειραιά, να λιμοκτονούν και να τρέφονται με την ελεημοσύνη του δήμου.
Στην εφημερίδα Αθηνά της εποχής φιλοξενήθηκε μια μακροσκελής περιγραφή της φτώχειας του πυρπολητή, αλλά και της οικτρής κατάστασης στην οποία βρισκόταν η οικογένεια: «Είναι η χήρα του Παπανικολή, η πεινώσα εκείνη και γυμνητεύουσα, χήρα ανδρός ατρομήτου, όστις εν Σάμω διέσωσε τον ελληνικόν στόλον από βέβαιον όλεθρον και δι’ αυτού διέσωσε την Ελλάδα».
