Ο Μάρκος Μπότσαρης γεννήθηκε στο Σούλι το 1790 και ήταν ο δευτερότοκος γιος του Κίτσου Μπότσαρη (1754-1813) – ηγετικής μορφής της φάρας των Μποτσαραίων. Μετά την κατάληψη του Σουλίου από τον Αλή Πασά το 1803 και τις διώξεις των Σουλιωτών που ακολούθησαν, κατέφυγε με τον πατέρα του και άλλους συμπατριώτες του πρώτα στην Πάργα και στη συνέχεια στην Κέρκυρα. Εκεί εντάχθηκε στο «Αλβανικό Σύνταγμα», που είχαν συγκροτήσει οι Γάλλοι, κι έφθασε μέχρι το βαθμό του εκατόνταρχου.
Παρά την περιορισμένη μόρφωσή του, συνέγραψε το 1809 το «Λεξικόν της Ρωμαϊκοίς και Αρβανητηκοίς Απλής», ένα ελληνοαλβανικό λεξικό, το πρωτότυπο του οποίου βρίσκεται στη Βιβλιοθήκη του Παρισιού.
Το 1810 πήρε διαζύγιο από την πρώτη του γυναίκα λόγω απιστίας, και παντρεύτηκε τη Χρυσούλα Καλογήρου, κόρη του αρματολού της Πρέβεζας Χρηστάκη Καλογήρου, η οποία του χάρισε δύο παιδιά, τον Δημήτριο Μπότσαρη (1814-1871), στρατιωτικό και πολιτικό, και την Κατερίνα-Ρόζα Μπότσαρη (1820-1872), καλλονή της εποχής της, η οποία διατέλεσε κυρία επί των τιμών της βασίλισσας Αμαλίας.
Το 1813 επέστρεψε στην Ήπειρο, και μετά τη δολοφονία του πατέρα του από τον αρματολό Γώγο Μπακόλα [φωτ. δεξιά], τον Ιανουάριο του 1814, εγκαταστάθηκε με την οικογένειά του στον Κακόλακκο Πωγωνίου όπου διορίστηκε αρχηγός της περιοχής από τον Αλή Πασά. Τον ίδιο χρόνο έγινε μέλος της Φιλικής Εταιρείας. Το 1820, μαζί με τον θείο του Νότη και άλλους Σουλιώτες, πολέμησε στο πλευρό των σουλτανικών δυνάμεων που πολιορκούσαν τον ανυπάκουο Αλή Πασά στα Ιωάννινα, έχοντας λάβει την υπόσχεση ότι θα ξαναγυρνούσαν στην πατρίδα τους.
Βλέποντας ότι οι Τούρκοι αθετούσαν την υπόσχεσή τους, ο Μπότσαρης ήρθε σε συνεννόηση με τον Αλή Πασά και του ζήτησε τον επαναπατρισμό των Σουλιωτών, με αντάλλαγμα τη βοήθειά τους στον αγώνα του εναντίον των στρατευμάτων του Σουλτάνου. Η σχετική συμφωνία υπογράφηκε στις 15 Ιανουαρίου 1821. Πρώτη του επιτυχία ήταν η νίκη στους Καμψάδες και στα Πέντε Πηγάδια, και η κατάληψη των φρουρίων της Ρηγιάσας και της Ρινιάσσας.
Με την έκρηξη της Επανάστασης ο Μάρκος Μπότσαρης πήρε μέρος στις νικηφόρες μάχες στο Κομπότι της Άρτας (3 Ιουλίου 1821) και στην Πλάκα (Σεπτέμβριος 1821) εναντίον του Τοπάλ Αλί Πασά και στα Δερβιζανά εναντίον του Τουρκομακεδόνων του Καπλάν Μπέη (12 Οκτωβρίου 1822). Στις 12 Νοεμβρίου 1821 συμμετείχε στην πολιορκία και την άλωση της Άρτας (17 Νοεμβρίου 1821).
Στο μεταξύ οι Οθωμανοί είχαν αιχμαλωτίσει την οικογένειά του, που παρέμενε στον Κακκόλακο. Όταν τον Μάρτιο του 1822 πήγε μαζί με άλλους Σουλιώτες οπλαρχηγούς στην Πελοπόννησο για να ζητήσει βοήθεια από την προσωρινή κυβέρνηση, πέτυχε να απελευθερώσει την οικογένειά του, ανταλλάσσοντάς την με τα χαρέμια του Χουρσίτ Πασά που είχαν αιχμαλωτιστεί κατά την άλωση της Τριπολιτσάς (23 Σεπτεμβρίου 1821).
Την οικογένεια την έστειλε στην Ανκόνα της Ιταλίας και ο ίδιος παρέμεινε στην Πελοπόννησο με τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, τον οποίο ακολούθησε στη Δυτική Στερεά Ελλάδα.
Τον Μάιο του 1822 έπεισε τον Μαυροκορδάτο να αναληφθεί εκστρατεία στην Ήπειρο, με σκοπό τη βοήθεια των Σουλιωτών. Στα τέλη Ιουνίου με 1.200 αγωνιστές κατευθύνθηκε από το Κομπότι στο Σούλι. Στις 29 Ιουνίου, κοντά στην Πλάκα, αντιμετώπισαν τις υπέρτερες δυνάμεις του Κιουταχή και τράπηκαν σε φυγή. Στις 4 Ιουλίου, με 32 συντρόφους του, πήρε μέρος στην καταστροφική μάχη του Πέτα, που σήμανε την οριστική παράδοση του Σουλίου στους Οθωμανούς.
Στις 12 Οκτωβρίου 1822 –με τη βοήθεια του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου– προήχθη σε στρατηγό, προκαλώντας την αντίδραση των άλλων οπλαρχηγών. Η στάση τους τον εξόργισε και ενώπιόν τους έσκισε το χαρτί του διορισμού του, λέγοντας: «Όποιος είναι άξιος παίρνει το δίπλωμα μεθαύριο μπροστά στον εχθρό». Αυτή η μεγαλοπρεπής πράξη του αποδεικνύει την ανιδιοτέλειά του και την αγάπη του για την πατρίδα. Στη συνέχεια είχε καθοριστική συνεισφορά στην αίσια έκβαση της πρώτης πολιορκίας του Μεσολογγίου (25 Οκτωβρίου – 31 Δεκεμβρίου 1822). Με την ευστροφία και την πονηριά του παρέσυρε σε πλαστές συνομιλίες («καπάκια») τους Τούρκους, δίνοντας χρόνο στους πολιορκημένους να ενισχύσουν τις οχυρώσεις τους.
Το καλοκαίρι του 1823 ο Μάρκος Μπότσαρης προσπάθησε να ανακόψει το δρόμο στα τούρκικα στρατεύματα που επέδραμαν από τα Τρίκαλα προς τη δυτική Στερεά. Τη νύχτα της 8ης προς 9η Αυγούστου, επικεφαλής 350 Σουλιωτών, επιτέθηκε κατά των 4.000 Τουρκαλβανών του Μουσταή Πασά που είχαν στρατοπεδεύσει στο Κεφαλόβρυσο του Καρπενησίου. Ο αιφνιδιασμός πέτυχε και ο Μπότσαρης, αν και πληγωμένος ελαφρά στην κοιλιά, προχώρησε προς τη σκηνή του Μουσταή Πασά, προκειμένου να τον αιχμαλωτίσει. Όμως μια σφαίρα από έναν Αφρικανό υπηρέτη του πασά τον βρήκε στο μάτι και τον τραυμάτισε σοβαρά. Εξέπνευσε λίγες ώρες αργότερα. Τότε οι άνδρες του, αν και νικούσαν, διέκοψαν τη μάχη για να παραλάβουν τη σορό του αρχηγού τους και τα λάφυρα.
Μεταφέροντας τον νεκρό Μπότσαρη προς το Μεσολόγγι σταμάτησαν για λίγο στη Μονή Προυσού, όπου βρισκόταν ο Καραϊσκάκης κατάκοιτος. Αυτός τον ασπάστηκε, λέγοντας: «Άμποτε ήρωα Μάρκο, κι εγώ από τέτοιο θάνατο να πάω».
Ο νεκρός μεταφέρθηκε στο Μεσολόγγι στις 10 Αυγούστου 1823 με θριαμβική πομπή που περιγράφει ο Πουκεβίλ στα απομνημονεύματά του. Του θριάμβου προηγούνταν Τουρκαλβανοί αιχμάλωτοι, ακολουθούσαν οι ίπποι των αξιωματικών τους με πολύτιμα επισάγματα και 54 σημαίες των εχθρών. Ο νεκρός Μάρκος ήταν καλυμμένος με κυανή χλαμύδα. Ακολουθούσαν τα λάφυρα που ήταν ζώα, όπλα, σκηνές, πολεμοφόδια και το ταμείο των εχθρών. Η επικήδεια τελετή έγινε στο ναό Αγίου Νικολάου των προμαχώνων.
Το θάνατο του Μάρκου Μπότσαρη ύμνησε η λαϊκή και η έντεχνη μούσα. Ο Διονύσιος Σολωμός έγραψε το ποίημα «Εις Μάρκο Μπότσαρη», στο οποίο παρομοιάζει τη μεγάλη προσέλευση των Ελλήνων στην κηδεία του ήρωα με τη συρροή των Τρώων στην ταφή του Έκτορα. Ποιήματα αφιερωμένα στον Μπότσαρη έγραψαν ο Αμερικανός ποιητής Φίτζγκριν Χάλεκ (1790-1867) με τίτλο «Marco Bozzaris» (1825), ο Ελβετός ποιητής και δημοσιογράφος Ζιστ Ολιβιέ (1807-1876) με τίτλο «Marcos Botzaris au mont Aracynthe» («Ο Μάρκος Μπότσαρης στο όρος Αράκυνθος», 1826) και ο Γάλλος συγγραφέας Βικτόρ Ουγκό στη συλλογή ποιημάτων του Les Orientales (Τ’ ανατολίτικα, 1829).
Το 1858 ο Ζακυνθινός συνθέτης Παύλος Καρρέρ παρουσίασε την όπερα Μάρκος Μπότσαρης. Το γαλλικό κράτος τον τίμησε το 1911 δίνοντας σ’ έναν από τους σταθμούς του παρισινού μετρό τ’ όνομά του («Botzaris»).
