Ουσιαστικά έμεινε στον πατριαρχικό θρόνο μόλις 43 ημέρες, μέχρι τις 30 Ιανουαρίου 1925, καθώς με βάση τη Σύμβαση της Λοζάνης θεωρήθηκε ανταλλάξιμος και οι τουρκικές Αρχές τον απέλασαν. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντίνος ΣΤ’ (κατά κόσμον Αράμπογλου ή Καρατζόπουλος) μπορούσε όσο λίγοι ποιμενάρχες να αντιληφθεί τον απάνθρωπο αυτό όρο, γι’ αυτό και μέχρι το τέλος της ζωής του ασχολήθηκε ενεργά με το ζήτημα της αποκατάστασης των προσφύγων.
Γεννήθηκε το 1859 στη Συγή Βιθυνίας. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης. Το 1896 εξελέγη επίσκοπος Ροδοστόλου, υπαγόμενος στη Μητρόπολη Αδριανουπόλεως. Το 1899 εξελέγη μητροπολίτης Βελλάς και Κονίτσης. Το 1906 μετατέθηκε στη Μητρόπολη Τραπεζούντος, το 1913 στη Μητρόπολη Κυζίκου, το 1922 στη Μητρόπολη Προύσης και το 1924 στη Μητρόπολη Δέρκων.
Εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης στις 17 Δεκεμβρίου 1924 και ενθρονίστηκε αυθημερόν – μετά την εκδημία του Πατριάρχη Γρηγορίου Ζ’, και καθώς ήταν ιδιαιτέρως δημοφιλής, θεωρήθηκε ότι ήταν το κατάλληλο πρόσωπο σε έναν κόσμο που άλλαζε ραγδαία μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή.
Οι τουρκικές Αρχές (που ανεπιτυχώς στη Λοζάνη είχαν προσπαθήσει να εξορίσουν το Οικουμενικό Πατριαρχείο) του είχαν ήδη τονίσει από την παραμονή της εκλογής ότι τον θεωρούσαν «ανταλλάξιμο», καθώς είχε εγκατασταθεί στην Κωνσταντινούπολη μετά το 1918. Ο ίδιος, ως μητροπολίτης Δέρκων, επιχειρηματολογούσε ότι αφού το Πατριαρχείο είχε εξαιρεθεί ρητώς της Ανταλλαγής, η εξαίρεση αφορούσε το κτηριακό του συγκρότημα αλλά και τα φυσικά πρόσωπα που το συναποτελούσαν ως νομικό πρόσωπο.
Ακολούθησαν ανεπιτυχείς διπλωματικές παρεμβάσεις· τελικά ο Πατριάρχης Κωνσταντίνος μπήκε στο τρένο με άλλους ανταλλάξιμους. Από τη μια πλευρά η κυβέρνηση Μιχαλακόπουλου (Οκτώβριος 1924 – Ιούνιος 1925) προέβη σε έντονα διπλωματικά διαβήματα και από την άλλη φοβούμενη όξυνση της κατάστασης του ζητούσε να αποσυρθεί στο Άγιον Όρος.
Αυτός όμως μετέβη αρχικά στη Θεσσαλονίκη, όπου τον υποδέχτηκαν 30.000 συγκεντρωμένοι, ουσιαστικά αναγνωρίζοντας τον πατριωτισμό του. Από εκεί προέβη σε ανεπιτυχή διαβήματα προς την Κοινωνία των Εθνών (ΚτΕ) για να του επιτραπεί η επιστροφή.
Παράλληλα, η απέλασή του όξυνε τα πνεύματα και στην Αθήνα, σε βαθμό που στρατιωτικοί κύκλοι με επικεφαλής τον Θεόδωρο Πάγκαλο να ζητούν επανάληψη των εχθροπραξιών με την Τουρκία λόγω μη τήρησης της συμφωνίας ανταλλαγής.
Η ελληνική κυβέρνηση επιχείρησε να διεθνοποιήσει το ζήτημα, δηλώνοντας ότι θα προσφύγει στην Κοινωνία των Εθνών, και ζητώντας τη συνδρομή ξένων κυβερνήσεων και του Ελευθέριου Βενιζέλου. Ο πρώην πρωθυπουργός στάθηκε μεν στο πλευρό της, αρνήθηκε όμως να εκπροσωπήσει την Ελλάδα στη Γενεύη, καθώς διαφωνούσε με την πράξη της Συνόδου του Πατριαρχείου να επιμείνει στην εκλογή ανταλλαξίμου ως Πατριάρχη.
Στις 4 Φεβρουαρίου 1925 η Τουρκική Εθνοσυνέλευση επικύρωσε την απέλαση και στις 11 Φεβρουαρίου η Ελλάδα προσέφυγε στην Κοινωνία των Εθνών.
Αφού η Τουρκία αποδέχτηκε να αποσύρει τους φακέλους των υπολοίπων ανταλλάξιμων μητροπολιτών, απέσυρε και η Ελλάδα την προσφυγή της στην ΚτΕ και προέτρεψε τον Πατριάρχη Κωνσταντίνο να παραιτηθεί, διαβεβαιώνοντάς τον ότι θα του εξασφαλιστεί επίπεδο διαβίωσης ανάλογο του αξιώματός του.
Τελικά, υπέβαλε την παραίτησή του στις 22 Μαΐου 1925 – πολλοί είπαν ότι θυσιάστηκε. Κατόπιν πήγε για κάποιο διάστημα στη Χαλκίδα, φιλοξενούμενος της εκεί μητρόπολης. Εγκαταστάθηκε οριστικά στη Νέα Φιλαδέλφεια της Αττικής, σε σπίτι που του παραχωρήθηκε από την κυβέρνηση.
Πέθανε στις 28 Νοεμβρίου 1930 και ετάφη στο Α’ Νεκροταφείο Αθηνών. Το 2011 τα οστά του μεταφέρθηκαν στην Κωνσταντινούπολη και στις 6 Μαρτίου 2011 ενταφιάστηκαν κοντά στους τάφους των Πατριαρχών στη Ζωοδόχο Πηγή του Βαλουκλί.
Μόλις το 2024 ο Δήμος Νέας Φιλαδέλφειας – Νέας Χαλκηδόνας αποφάσισε ότι επισήμως η κεντρική πλατεία στη Νέα Φιλαδέλφεια είναι Πλατεία Πατριάρχου Κωνσταντίνου ΣΤ’.
