Στις 28 Απριλίου 1821 έξω από τις Οινούσσες, στην πρώτη του επιχείρηση στον Αγώνα, ο υδραίικος στόλος αιχμαλώτισε οθωμανικό πλοίο με πολύτιμο φορτίο και επιβάτη τον μολλά της Αιγύπτου Γιαζιτζή Ζαντέ Μεχμέτ Εφέντη, με την οικογένειά του.
Ο απαγχονισμός του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ στην Πύλη του Φαναρίου στις 10 Απριλίου είχε εξοργίσει τους Έλληνες που εκτέλεσαν τον Οθωμανό ιεράρχη και τους οικείους του πάνω στα ελληνικά πλοία.
Μάλιστα διαδόθηκε εσφαλμένα ότι ο επιβαίνων ήταν ο σεϊχουλισλάμης της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ανώτατος αξιωματούχος του ισλάμ και σύμβουλος του σουλτάνου.
Η συστάδα νησιών και νησίδων ανάμεσα στη Χίο και τα μικρασιατικά παράλια κατά τη διάρκεια της Επανάστασης αποτέλεσε συχνά σημείο εμπλοκής των δύο στόλων. Χωρίζονται σε δύο ομάδες, τις δυτικές Οινούσσες (Σπαλματόρια) και τις ανατολικές (Όρσες). Εποικίστηκαν τον 18ο αιώνα από Χιώτες, κυρίως από τα Καρδάμυλα.
Κατά την Επανάσταση του 1821 οι ντόπιοι κατέφυγαν στην Πελοπόννησο, την Άνδρο και την Εύβοια. Αργότερα όμως επέστρεψαν στο νησί και ασχολήθηκαν συστηματικά με τη ναυτιλία με αποτέλεσμα οι Οινούσσες να εξελιχθούν ένας από τους σημαντικότερους ελληνικούς ναυτότοπους.
