Γεννήθηκε στα Φάρασα (Βαρασό) της Καππαδοκίας γύρω στο 1840, και το κοσμικό του ονοματεπώνυμο ήταν Θεόδωρος Αννητσαλήχος (με το παρατσούκλι Αρτζίδης), ενώ μετά την επίσκεψή του στους Αγίους Τόπους τον ήξεραν όλοι ως Χατζεφεντή. Ήταν το ένα από τα δύο αγόρια του Ελευθερίου και της Βαρβάρας (το γένος Φράγκου ή Φραγκοπούλου).
Ο Θεόδωρος από νωρίς είχε κλίση προς τον μοναχισμό, και είχε πάρει την απόφαση να γίνει μοναχός ύστερα από τη σημαδιακή σωτηρία του από βέβαιο πνιγμό στον χείμαρρο Ευκάση. Λέγεται μάλιστα πως τον έσωσε ο Άγιος Γεώργιος.
Όταν ήταν σε νεαρή ηλικία πέθαναν και οι δύο γονείς του, κι έτσι ανατράφηκε από την αδελφή της μητέρας του ενώ αργότερα μετέβη για εκπαιδευτικούς λόγους πρώτα στη Νίγδη –όπου τελούσε υπό την προστασία της αδελφής του πατέρα του, η οποία ήταν δασκάλα– και έπειτα στη Σμύρνη. Εκτός από ελληνικά ήξερε τουρκικά, αρμενικά, και μερικά γαλλικά.
Το 1866 έζησε στο κοινόβιο της Ιεράς Μονής Φλαβιανών (Ζιντζίντερε) του Τιμίου Προδρόμου. Εκεί σύντομα εκάρη μοναχός, με το όνομα Αρσένιος. Την ίδια εποχή όμως εμφανίστηκε έλλειψη δασκάλων στην περιοχή, και ο μητροπολίτης Παΐσιος Β’ τον χειροτόνησε διάκονο και τον έστειλε στα Φάρασα για να διδάξει.
Λίγα χρόνια αργότερα, γύρω στο 1870, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και έπειτα αρχιμανδρίτης. Στη συνέχεια πραγματοποίησε ταξίδι προσκυνηματικού χαρακτήρα στους Αγίους Τόπους, λαμβάνοντας μετά την επιστροφή του το προσωνύμιο Χατζεφεντής.
Υπήρξε ο πνευματικός ηγέτης της περιοχής των Φαράσων για περισσότερα από πενήντα χρόνια, και διακρινόταν για τον ασκητικό τρόπο ζωής του. Κοιμόταν καταγής και ελάχιστες ώρες την ημέρα. Δύο φορές την εβδομάδα έμενε έγκλειστος στο κελί του για εσωτερική νήψη, μελέτη βιβλικών και πατερικών κειμένων, βίους αγίων και προσευχή ιδιαίτερη· οι δύο αυτές ημέρες αγίαζαν και καρποφορούσαν τις άλλες πέντε ημέρες της εβδομάδας, όπως χαρακτηριστικά έλεγε. Το κατάλυμά του, όπου δεχόταν τους πνευματικούς και φυσικούς ασθενείς του, ήταν φτωχικό και δίπλα είχε ένα μικρό ατομικό κελί με χωμάτινο πάτωμα.
Το 1924, σε μεγάλη πλέον ηλικία, εκπατρίστηκε μαζί με τους υπόλοιπους κατοίκους των Φαράσων βάσει της Συνθήκης της Λοζάνης. Κατά τη διάρκεια του ταξιδιού προς την Ελλάδα, συμβούλευε και ενθάρρυνε τους συμπατριώτες του. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους εγκαταστάθηκε με τους υπόλοιπους συντοπίτες του στο Κάστρο της Κέρκυρας, όπου συνέχισε να ασκεί τα ιερατικά του καθήκοντα.
Μετά από δύο εβδομάδες παραμονής στο νησί ασθένησε και εισήχθη στο νοσοκομείο της πόλης, όπου απεβίωσε στις 10 Νοεμβρίου σε ηλικία 83 ετών, έπειτα από σύντομη νοσηλεία. Τάφηκε στο νεκροταφείο που βρίσκεται στο ναό του Αγίου Γεωργίου, στο Δημοτικό Κοιμητήριο Κέρκυρας.
Οι δύο ανακομιδές και ο τάφος
Τον Οκτώβριο του 1958 έγινε εκταφή των λειψάνων του από τον μοναχό Παΐσιο Εζνεπίδη (τον οποίο ο Αρσένιος είχε βαπτίσει, δίνοντάς του το δικό του όνομα),1 ο οποίος τα μετέφερε πρώτα στην Κόνιτσα και έπειτα, το 1970, στη γυναικεία μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Σουρωτή Θεσσαλονίκης.
Στις 8 Αυγούστου 1995 πραγματοποιήθηκε από τον τότε μητροπολίτη Κερκύρας Τιμόθεο η δεύτερη ανακομιδή των λειψάνων του Αρσενίου, μετά από τριετή έρευνα καθώς τα ίχνη του τάφου είχαν χαθεί. Ο Γέροντας Παΐσιος έδωσε την ευλογία του για τη δεύτερη ανακομιδή, αλλά και πληροφορίες πως ο τάφος βρισκόταν δίπλα και στην ίδια σειρά με αυτόν του (επίσης Καππαδόκη) ιερέα Γερμανού Κυριακίδη.
Παράλληλα πραγματοποιήθηκε έρευνα στο βιβλίο ταφών στο αρχείο του Δήμου Κερκυραίων (όπου ήταν καταγεγραμμένη η ταφή του 1924 καθώς και η ανακομιδή του 1958), και η υπόδειξη του τάφου από παλιό υπάλληλο του κοιμητηρίου.
Ο μητροπολίτης Τιμόθεος, αφού συγκέντρωσε και διασταύρωσε τα στοιχεία, πραγματοποίησε την ανακομιδή.
Στη συνέχεια ανακαινίστηκε το μνήμα και φιλοτεχνήθηκε η ψηφιδωτή εικόνα του Αγίου Αρσενίου του Καππαδόκου, εντοιχισμένη σε προσκυνητάρι. Από τότε στο Δημοτικό Κοιμητήριο της Κέρκυρας εορτάζεται κάθε χρόνο πανηγυρικά η μνήμη του και πραγματοποιούνται λιτανεία μετά τη Θεία Λειτουργία και επί του τάφου αρτοκλασία.
Ο Αρσένιος αγιοποιήθηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο στις 11 Φεβρουαρίου 1986.
