Εκεί όπου ο Μιλτιάδης το 490 π.Χ. νίκησε το στρατό των Περσών, στην πεδιάδα του Μαραθώνα, κατά τη διάρκεια της Επανάστασης υπήρξε μια επική σύγκρουση ανάμεσα στους Έλληνες και τους Οθωμανούς. Η δεύτερη (και εν πολλοίς άγνωστη) μάχη του Μαραθώνα ξεκίνησε στις 5 Ιουλίου 1824.
Ο πασάς της Καρύστου Ομέρ, ο οποίος έναν μήνα νωρίτερα είχε λάβει εντολή να εκστρατεύσει κατά της Αττικής ώστε να εκμεταλλευτεί τις εμφύλιες έριδες, τέθηκε επικεφαλής 3.000 στρατιωτών, εκ των οποίων οι 2.000 ήταν γενίτσαροι. Την ίδια περίοδο ο Γεώργιος Κουντουριώτης είχε ορίσει φρούραρχο της Ακρόπολης τον Γιάννη Γκούρα, τον οπλαρχηγό από τη Στερεά Ελλάδα που μετά το ξέσπασμα δεύτερου εμφυλίου τον Ιούλιο προσπάθησε να ξεφύγει από την επιρροή του Ανδρούτσου και να αναπτύξει τις ηγετικές του φιλοδοξίες. Γκούρας και Ανδρούτσος είχαν την αρχηγία των ενόπλων σωμάτων της Αττικής.
Όταν ο Τούρκος πασάς αποβιβάστηκε στον Ωρωπό με τους στρατιώτες, πυροβολικό και ιππικό, αρχικά λεηλάτησε τη γύρω περιοχή και στη συνέχεια άρχισε να κατευθύνεται προς την Αθήνα. Για να σταματήσει την προέλαση ο Γιάννης Γκούρας συγκρότησε σώμα 600 ανδρών και στις 3 Ιουλίου 1824 κατέλαβε τον Τύμβο του Μαραθώνα με το παλαιό τείχος, απ’ όπου αναγκαστικά θα περνούσαν οι Οθωμανοί.
Η αριθμητική υπεροχή, οι βολές του πυροβολικού κατά των ελληνικών θέσεων αλλά και οι επιθέσεις των γενίτσαρων με το ιππικό θα έπρεπε να είχαν δώσει αμέσως τη νίκη στον Ομέρ πασά· ωστόσο οι Έλληνες κατάφεραν να αποκρούσουν τις επιθέσεις και μάλιστα να προκαλέσουν σημαντικές απώλειες στους αντιπάλους.
Το… παιχνίδι άλλαξε οριστικά όταν στο πεδίο της μάχης εμφανίστηκε ο στρατηγός Διονύσιος Ευμορφόπουλος προερχόμενος από την Κόρινθο. Είχε μάθει για την απόβαση των Οθωμανών στην Αττική και έσπευσε να βοηθήσει, ενώ καθοριστική ήταν και η συνεισφορά των ανδρών του χιλίαρχου Γιάννη Ρούκη, οι οποίοι αιφνιδίασαν τους αντιπάλους και τους έτρεψαν σε φυγή· στο πεδίο της μάχης άφησαν 260 νεκρούς, τον αρχηγό των γενιτσάρων Ιμπραήμ, πλούσια λάφυρα, όπλα και δύο πολεμικές σημαίες.
Ο Γιάννης Γκούρας –που ως φρούραρχος φερόταν με σχεδόν τυραννικό τρόπο στους Αθηναίους– ενημέρωσε την Αθήνα για την πολεμική νίκη στον Μαραθώνα στέλνοντας 30 κομμένα κεφάλια πεσόντων και τις δύο σημαίες. Μάλιστα, στην επιστολή του προς τους δημογέροντες χαρακτήρισε το επίτευγμα ανώτερο σε ηρωισμό από τη μάχη στη Γραβιά (8 Μαΐου 1821), γιατί «ενίκησαν εκεί όπου ενίκησε πάλαι ποτέ και ο Μιλτιάδης»
Μετά την ήττα ο Ομέρ πασάς υποχώρησε με το στρατό του στο Καπανδρίτι· στις αρχές του Αυγούστου του 1824 επιχείρησε να καταλάβει την Αθήνα.
