Αν και ήδη από το 1964, η ομογένεια στην Κωνσταντινούπολη και το Οικουμενικό Πατριαρχείο αντιμετώπιζαν όχι μόνο το μένος των εθνικιστικών τουρκικών κύκλων, λόγω του Κυπριακού, αλλά και τις τραγικές συνέπειες αυτού, συνεχώς το καθεστώς της γειτονικής χώρας αναζητούσε τρόπους για να διώξει από την περιοχή όσους Έλληνες είχαν απομείνει.
Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται και η απόφαση της τουρκικής κυβέρνησης να διενεργήσει αιφνιδιαστικό έλεγχο της οικονομικής διαχείρισης και διοίκησης του Πατριαρχείου, τη Μεγάλη Πέμπτη 22 Απριλίου 1965.
Στόχος της ελεγκτικής επιτροπής που έφθασε στον πατριαρχικό ναό του Αγίου Γεωργίου, στο Φανάρι, την ώρα της Θείας Λειτουργίας, ήταν να αλλάξει ο μοναστηριακός χαρακτήρας του ναού και του πατριαρχικού συγκροτήματος γενικότερα.
Την τουρκική επιτροπή απάρτιζαν ο διευθυντής του πολιτικού τμήματος της Γενικής Αστυνομίας Κωνσταντινούπολης, ο γενικός επιθεωρητής του υπουργείου Οικονομικών, ένας εκπρόσωπος του τουρκικού ΥΠΕΞ και ο επιθεωρητής της Γενικής Διεύθυνσης Βακουφίων. Μαζί τους βρίσκονταν και πολλοί Τούρκοι δημοσιογράφοι. Φτάνοντας στον ναό ζήτησαν να δουν τον Πατριάρχη Αθηναγόρα, ωστόσο πρωτοστατούσε στη Θεία Λειτουργία και δεν ήταν δυνατό.
Αντί να φύγουν και να επιστρέψουν, παρέμειναν εκεί μέχρι το βράδυ οπότε συνάντησαν τον Πατριάρχη. Τον ενημέρωσαν για την απόφαση να διενεργηθεί άμεσα έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης και διοίκησης του Πατριαρχείου, ωστόσο τους είπε ότι λόγω της Μεγάλης Εβδομάδας και του Πάσχα δεν θα μπορούσε να παραβιαστεί το δικαίωμα της λατρείας των χριστιανών.
Τελικά, παρά τις αντιρρήσεις και την αντίδραση του τουρκικού Τύπου, ο έλεγχος μετατέθηκε για την Τετάρτη της Διακαινησίμου, στις 28 Απριλίου 1965.
Μετά τον έλεγχο η επιτροπή αποφάσισε τη μετατροπή του Πατριαρχείου σε κοινό βακουφικό (ευαγές) ίδρυμα, την απευθείας υπαγωγή του στη Γενική Διεύθυνση Βακουφίων και την τοποθέτηση αιρετού σώματος λαϊκών διαχειριστών. Έτσι ο Πατριάρχης Αθηναγόρας έπαψε να διαχειρίζεται τη μονή και τον πατριαρχικό ναό του Αγίου Γεωργίου, που πέρασαν στον έλεγχο των τουρκικών Αρχών.
