Στη βυζαντινή περίοδο αναπτύσσεται η ελληνική ταυτότητα, αλλά ο Εύξεινος Πόντος συνεχίζει να αποτελεί το χώρο όπου υπάρχουν αντιπαραθέσεις της αυτοκρατορίας με τους Άραβες, Πέρσες, Τούρκους, Σελτζούκους και την αναδυόμενη Ρωσία. Με την κατάληψη της Κωνσταντινουπόλεως από τους Φράγκους το 1204, δημιουργείται η αυτοκρατορία της Τραπεζούντας από τους Κομνηνούς.
Οι Οθωμανοί ταύτισαν τον Εύξεινο Πόντο, με τα πιο σημαντικά τους συμφέροντα, αφού προσέφερε ασφάλεια και επιπλέον ήταν ο χώρος σύνδεσης με τους πόρους του Καυκάσου και της Κασπίας, ενώ η Ρωσία θα κυριαρχήσει μετά το ρωσοτουρκικό πόλεμο και τη συνθήκη του Κιουτσούκ Καιναρτζή (1774). Οι Έλληνες της περιοχής ανακτούν την πίστη τους και συμμετέχουν στη Φιλική Εταιρεία η οποία ξεκινά στην Οδησσό με αρχηγός το γόνο μίας διακεκριμένης Ποντιακής οικογένειας, τον Αλέξανδρο Υψηλάντη.
Ο Πόντος οργανώθηκε σε αυτόνομη διοίκηση της υπαρχίας της Ανατολής με πρωτεύουσα την Καισάρεια της Καππαδοκίας. Η Καισάρεια υπήρξε επίσης κέντρο διάδοσης του χριστιανισμού στην ευρύτερη περιοχή του Εύξεινου Πόντου, στην Αρμενία και σε περιοχές της Κασπίας Θάλασσας. Με τον 28 κανόνα της Δ’ Οικουμενικής Συνόδου (451 μ.Χ.) ο Πόντος εντάχθηκε στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Κωνσταντινούπολης. Στη θεματική οργάνωση του Βυζαντίου εντάχθηκε κατά τον 8ο αιώνα. Τα εδάφη του μοιράστηκαν στα θέματα της Κολωνείας, των Αρμενιακων και της Χαλδίας. Βαθμιαία απέκτησε μεγάλη στρατιωτική σημασία για την άμυνα της αυτοκρατορίας κατά των Αράβων αρχικά, και κατά των τουρκομανίκων φυλών στη συνέχεια. Την περίοδο αυτή αναδείχθηκαν στον Πόντο μεγάλες οικογένειες όπως οι Κομνηνοί, οι Ταρωνίτες και οι Γαβράδες, η ισχυροποίηση των οποίων οδήγησε στην εμφάνιση τάσεων αυτονόμησης από την κεντρική διοίκηση. Η χαρακτηριστικότερη ενέργεια ήταν η ανταρσία τις οικογένειας των Γαβράδων τον 11ο αιώνα. Οι Γαβράδες κατάγονταν από την Άρτα της Αργυρούπολης και ονόμαζαν την επαρχία τους, τη Χαλδία, «Χώραν Τραπεζουσίαν ». Επιχείρησαν μια σειρά εξεγέρσεων, ορισμένες από τις οποίες είχαν επιτυχή έκβαση, ενώ άλλες κατεστάλησαν. Η μεγάλη χαλάρωση των σχέσεων με το Βυζάντιο επήλθε μετά τη μάχη του Ματζικέρτ, όταν άνοιξε για τους Τούρκους ο δρόμος που οδηγούσε στη Μικρά Ασία.
Η περίοδος που ακολούθησε σφραγίστηκε από την παρουσία του ισλάμ. Οι Άραβες στην αρχή, και οι διάφορες τούρκικες ομάδες στη συνέχεια, μετέτρεψαν την περιοχή σε πεδίο σύγκρουσης δύο μεγάλων πολιτισμών, του ελληνόφωνου ορθόδοξου και του ισλαμικού. Ο εξισλαμισμός του πληθυσμού, σε συνδυασμό με την ισλαμοποίηση του χώρου (καταστροφή εκκλησιών και ανέγερση τεμενών), σήμαινε πλέον την ρήξη με το ελληνικό παρελθόν και την είσοδο σε ένα νέο τουρκόφωνο ή αραβόφωνο κόσμο. Η κατάκτηση των ελληνικών πόλεων επισφραγίζονταν συμβολικά από την μετατροπή των εκκλησιών σε τζαμιά. Η πρακτική αυτή ήταν συνηθισμένη κατά τους πολυετείς αγώνες μεταξύ χριστιανών και μουσουλμάνων. Η βίαιη προσπάθεια εξισλαμισμού προκάλεσε πολυάριθμους θανάτους και δημιούργησε έναν μεγάλο αριθμό ορθόδοξων νεομαρτύρων.
Η βιαιότητα των μουσουλμάνων εισβολέων αποτυπώνεται εύγλωττα στην περίπτωση του Θεόδωρου Γαβρά, ηγεμόνα του Πόντου, ο οποίος συνελήφθη το 1098 από τον Τούρκο Αμίρ Αλή και βασανίστηκε φρικτά για να αποδεχτεί το ισλάμ. Έπειτα από την άρνηση του οι βασανιστές του τον διαμέλισαν και ο Αμίρ Αλή κατασκεύασε με το κρανίο του χρυσό κύπελλο.
Η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας
Η άνοιξη του 1204 υπήρξε μοιραία για τον ελληνισμό. Στις 13 Απριλίου οι σταυροφόροι κυρίευσαν την Κωνσταντινούπολη και κατέλυσαν την ελληνική αυτοκρατορία του Βυζαντίου. Διέλυσαν έτσι τον κεντρικό ιστό του μοναδικού χριστιανικού κράτους της Ανατολής που θα μπορούσε να αποτελέσει ουσιαστικό εμπόδιο στο επεκτατικό ισλάμ, τόσο το αραβικό όσο και το τούρκικο. Η πράξη αυτή της καθολικής Δύσης θα υψώσει εφεξής αξεπέραστο τείχος μεταξύ της δυτικής και της ανατολικής χριστιανοσύνης και θα διευκολύνει την επικράτηση των Τούρκων μουσουλμάνων. Μετά την κατάληψη της Πόλης, οι Έλληνες ίδρυσαν τρία κράτη, ένα στα Βαλκάνια και δύο στη Μικρά Ασία. Με κέντρα τη Νίκαια της Βιθυνίας, την Ήπειρο και την Τραπεζούντα του Πόντου, θα ξεκινήσουν οι προσπάθειες για την ανακατάληψη της πρωτεύουσας.
Το μακροβιότερο από όλα αυτά υπήρξε η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας, η οποία επέζησε επί 257 χρόνια. Ιδρύθηκε από τα αδέλφια Αλέξιο και Δαβίδ Κομνηνό, εγγόνια του Ανδρόνικου Α’, ιδρυτής της βυζαντινής αυτοκρατορικής δυναστείας των Κομνηνών, ο οποίος έχασε τον θρόνο του το 1185 από την δυναστεία των Αγγέλων. Τα δύο αδέλφια είχαν καταφύγει στη Θαμάρ, βασίλισσα της Ιβηρίας, η οποία τους βοήθησε να κυριαρχήσουν στην περιοχή του Πόντου. Πιθανότατα είχαν φτάσει στην Ιβηρία το 1203, επειδή είχαν προβλέψει την μοίρα της Πόλης, και όχι το 1185, όπως υποστηρίζουν ορισμένοι μελετητές. Οι δύο Κομνηνοί έφτασαν στην Τραπεζούντα τον Απρίλιο του 1204, μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Λατίνους.
Η ύπαρξη ενός δυναμικού ελληνικού πληθυσμού στην περιοχή επέτρεψε την δημιουργία ισχυρής κρατικής εξουσίας, η οποία διεκδικούσε τη συνέχιση της βυζαντινής αυτοκρατορικής ιδέας. Την εποχή εκείνη ο Πόντος ήταν σημαντικός εμπορικός και πολιτικός σταθμός. Η Τραπεζούντα ήταν μια από της ασφαλείς απολήξεις του περίφημου δρόμου του μεταξιού, οι νότιες απολήξεις του οποίου είχαν σε μεγάλο βαθμό αχρηστευτεί εξαιτίας της ισλαμικής-τουρκικής επέκτασης. Επιπλέον, ο εμπορικός δρόμος από την Τραπεζούντα προς την Κριμαία και τη σκυθική ενδοχώρα, είχε τεράστια εμπορική σημασία λόγω των υψηλών τελωνειακών εσόδων.
Ο Πόντος βρίσκονταν σε κομβικό σημείο με ιδιαίτερη πολιτική σημασία. Στα νοτιοανατολικά του υπήρχε το κράτος των Περσών, καθώς και τα κράτη των νεοφώτιστων στο ισλάμ Τουρκομάνων εισβολέων, στα δυτικά η Αρμενία και βορειοτέρα η Γεωργία, ενώ στις βόρειες ακτές της Μαύρης Θάλασσας βρίσκονταν το έσχατο ελληνικό έδαφος, η Κριμαία. Στη συνεχεία εκτείνονταν οι απέραντες στέπες, που έφταναν μέχρι τις περιοχές των Σλάβων και των Σουηδών, και στις οποίες κυριαρχούσαν οι νομάδες. Το διαμετακομιστικό εμπόριο υπήρξε η κινητήρια δύναμη για την ανάπτυξη της περιοχής και το κύριο μέσο συσσώρευσης πλούτου στον Πόντο.
