Είναι ο μητροπολίτης που αποχώρησε από τη θυελλώδη συνεδρίαση της ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος μαζί με τον Καισαριανής Δανιήλ. Ο μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος έχει εκφράσει ανοιχτά και σε όλους τους τόνους την αντίρρησή του στο προσύμφωνο που υπέγραψε ο Αρχιεπίσκοπος με τον πρωθυπουργό, και πλέον προβλέπει «πολύ άσχημες εξελίξεις» ακόμα και μέσα στην ιεραρχία εάν η κυβέρνηση προχωρήσει μονομερώς, χωρίς να έχει προηγηθεί διάλογος.
Μιλώντας στον ΣΚΑΪ υποστήριξε ότι οι προτάσεις της κυβέρνησης για τη μισθοδοσία έχουν προκαλέσει την ενόχληση των 73 εκ των 82 μητροπολιτών, αριθμός που μπορεί να αυξηθεί εάν ο Αλέξης Τσίπρας επιμείνει στις θέσεις του.
Όπως είπε ο κ. Χρυσόστομος, η δημοσιοϋπαλληλική σχέση για τους εκκλησιαστικούς λειτουργούς συνιστά «κόκκινη γραμμή» για την Ιεραρχία, και όλα τα υπόλοιπα σώματα της Εκκλησίας οφείλουν να σεβαστούν αυτήν την τοποθέτηση των μητροπολιτών στις περαιτέρω διαβουλεύσεις με το κράτος. Μάλιστα χαρακτήρισε απαράδεκτο και απαξιωτικό τον τρόπο που η κυβέρνηση συμπεριφέρεται στην Εκκλησία, ενώ καταλόγισε στον Αρχιεπίσκοπο ότι έδειξε υπερβολική εμπιστοσύνη στον πρωθυπουργό.
Ερωτηθείς για την αποχώρηση του από τη συνεδρίαση της Παρασκευής, ο μητροπολίτης Μεσσηνίας είπε ότι έγινε ως ένδειξη διαμαρτυρίας επειδή ο Αρχιεπίσκοπος δεν του επέτρεπε να διαβάσει την τοποθέτησή του. «Από την αρχή της διαδικασίας έγινε προσπάθεια η συζήτηση να μην ασχοληθεί με το συγκεκριμένο κείμενο. Είναι η πρώτη φορά που βλέπω τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο να εκδηλώνει μια τέτοια συμπεριφορά στο σώμα της Ιεραρχίας», τόνισε και σημείωσε ότι ήταν λάθος οι συμβουλές από το περιβάλλον του κ. Ιερώνυμου που έλεγαν ότι η συμφωνία μπορεί να πάει μέχρι τέλους χωρίς διαφωνίες από την Ιεραρχία.
Κατά τον ίδιο, τέλος, «θα χρειαστεί πολύς χρόνος, δεν ξέρουμε πότε θα λήξει ο διάλογος για ένα θέμα που αφορά την επιβίωση της Εκκλησίας», ενώ επιβεβαίωσε ότι ακούστηκε η φράση «δεν θα μπορείς να κυκλοφορήσεις στον κόσμο», με την έννοια της αντίδρασης των κληρικών.
