Στις 16 Ιουνίου 1913 ξέσπασε ο Β΄ Βαλκανικός Πόλεμος, με τη συνδυασμένη επίθεση της Βουλγαρίας κατά της Ελλάδας και της Σερβίας, οι οποίες είχαν συνάψει συνθήκη συμμαχίας από τις 19 Μαΐου κατά της πρώην συμμάχου τους Βουλγαρίας. Στο ελληνοβουλγαρικό μέτωπο, ο βουλγαρικός στρατός επιτέθηκε αιφνιδιαστικά κατά της Νιγρίτας και του Παγγαίου, περιοχές τις οποίες κατέλαβε. Το Γ΄ Σύνταγμα Ιππικού, που στρατωνιζόταν στις Σέρρες, εγκατέλειψε την περιοχή έγκαιρα για να μην αιχμαλωτιστεί.
Η αντίδραση του ελληνικού στρατού ήταν άμεση, σχεδόν ακαριαία. Αφού εκκαθάρισε πρώτα τη Θεσσαλονίκη από τους εναπομείναντες Βούλγαρους στρατιώτες, στη συνέχεια στράφηκε κατά του βουλγαρικού στρατού σε δύο μέτωπα.
Στις 20 Ιουνίου η 7η Μεραρχία υπό τον συνταγματάρχη Ναπολέοντα Σωτήλη απελευθέρωσε τη Νιγρίτα, την οποία όμως οι Βούλγαροι κατέστρεψαν προτού αποχωρήσουν, προχωρώντας σε πυρπολήσεις οικιών και σφαγές του αμάχου πληθυσμού. Ήταν το προανάκρουσμα για το τι θα επικρατούσε στις Σέρρες μία εβδομάδα αργότερα.
Ο κύριος όγκος του ελληνικού στρατού είχε κινηθεί βόρεια, και με ταχύτατη εφόρμηση επέπεσε επί των οχυρωμένων θέσεων του εχθρού στην περιοχή Κιλκίς-Λαχανά και τις κατέλαβε μετά από τριήμερη σκληρή μάχη, που στοίχισε χιλιάδες νεκρούς στο ελληνικό στρατόπεδο.
Στις 21 Ιουνίου 1913 η αμυντική γραμμή των Βουλγάρων είχε διαρραγεί και η κατάληψη των Σερρών φαινόταν εύκολη υπόθεση για τον ελληνικό στρατό. Αυτό το κατάλαβαν πολύ καλά οι Βούλγαροι, οι οποίοι από την επομένη, 22 Ιουνίου, άρχισαν να αποχωρούν από τις Σέρρες.
Ο ελληνικός στρατός συνέχισε την προέλασή του. Μετά τη νικηφόρα μάχη της Δοϊράνης (22 και 23 Ιουνίου) ξεχύθηκε στην κοιλάδα του Στρυμόνα. Οι Βούλγαροι αντέταξαν μια τελευταία άμυνα κοντά στο Σιδηρόκαστρο, το οποίο την εποχή εκείνη ονομαζόταν Δεμίρ Χισάρ.
Στη διήμερη μάχη που ακολούθησε (26 και 27 Ιουνίου) οι Βούλγαροι ανατίναξαν το μεσαίο τόξο της γέφυρας και υποχώρησαν προς Βορρά. Προτού αποχωρήσουν από το Σιδηρόκαστρο, οι Βούλγαροι προέβησαν κι εδώ σε σφαγές κατοίκων της πόλης.
Εν τω μεταξύ, από τις 20 Ιουνίου οι βουλγαρικές Αρχές άρχισαν να συλλαμβάνουν ως ομήρους επιφανείς πολίτες των Σερρών. Ανάμεσά τους, ο γυμνασιάρχης Λεωνίδας Παπαπαύλου, ο γιατρός Αναστάσιος Χρυσάφης, ο φαρμακοποιός Νέστωρ Φωκάς, ο αρτοποιός Γεώργιος Βλάχος και ο τραπεζίτης Κωνσταντίνος Σταμούλης, οι οποίοι αργότερα βρέθηκαν κατακρεουργημένοι.
Ο μητροπολίτης Σερρών Απόστολος τέθηκε σε κατ’ οίκον περιορισμό, ενώ του διεμηνύθη από τις βουλγαρικές αρχές να παραγγείλει στους Σερραίους να μην προβούν σε εχθρικές ενέργειες, γιατί διαφορετικά θα πυρπολούσαν την πόλη. Στις 22 Ιουνίου οι βουλγαρικές Αρχές των Σερρών άρχισαν να εγκαταλείπουν την πόλη, με προορισμό τη Βουλγαρία. Η κυκλοφορία των πολιτών απαγορεύτηκε. Οι Σέρρες παρουσίαζαν όψη νεκρής πόλης.
«Εβδομάς Παθών των Σερραίων Ελλήνων» έγραψε στα απομνημονεύματά του ο μητροπολίτης Απόστολος.
Στις 24 Ιουνίου συγκροτήθηκε ένοπλη πολιτοφυλακή από χίλιους χριστιανούς και Οθωμανούς, για την προστασία των κατοίκων των Σερρών. Επικεφαλής τέθηκε με υπόδειξη του μητροπολίτη Απόστολου ο Τούρκος συνταγματάρχης Αγκιά Μπέης, που είχε συλληφθεί αιχμάλωτος κατά τη διάρκεια του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου και καταγόταν από τις Σέρρες.
Από την επομένη, η πολιτοφυλακή ανέλαβε δράση και κατόρθωσε να απωθήσει μετά από αψιμαχίες βουλγαρικά αποσπάσματα που προσπαθούσαν να μπουν στην πόλη.
Όμως το βράδυ της 27ης Ιουνίου δύναμη του βουλγαρικού στρατού κατέλαβε από τους πολιτοφύλακες τα γύρω υψώματα των Σερρών και την Ακρόπολη, όπου έστησε τα κανόνια της. Από τις 10 το πρωί της επομένης (28ης Ιουνίου) άρχισε ο βομβαρδισμός των Σερρών.
Έντρομοι οι κάτοικοι άρχισαν να εγκαταλείπουν την πόλη και με φάλαγγες να τραβούν για τον Στρυμόνα, όπου οι ελληνικές δυνάμεις προσπαθούσαν να γεφυρώσουν το ποτάμι. Οι ανεκπαίδευτοι πολιτοφύλακες ήταν εύκολη λεία για τους άντρες του βουλγαρικού ιππικού, που μπήκαν στην πόλη και σκόρπισαν τον όλεθρο.
Τις πρώτες μεσημβρινές ώρες της 28ης Ιουνίου, Βούλγαροι στρατιώτες απήγαγαν 150 άτομα που ήταν οχυρωμένα στο προξενείο της Αυστροουγγαρίας, μαζί με τον υποπρόξενο. Τους οδήγησαν στο βουνό και τους απελευθέρωσαν μόνο όταν πήραν λύτρα. Λύτρα εισέπραξαν και από τον πρόξενο της Ιταλίας για να μην ανατινάξουν το κτήριο του προξενείου, στο οποίο είχαν καταφύγει περίπου 600 άτομα, ανάμεσά τους και πολλά γυναικόπαιδα.
Γύρω στις 2 μ.μ. ο διευθυντής της τοπικής βουλγαρικής αστυνομίας Καραγκιόζοφ έδωσε εντολή να πυρποληθεί το κέντρο της πόλης. Η καταστροφή των Σερρών ήταν σχεδόν ολοκληρωτική. Η εικόνα της πόλης, εφιαλτική.
Από τα 6.000 σπίτια των Σερρών τα 4.000 κάηκαν, καθώς και 1.000 καταστήματα. Άτομα ανήμπορα, γέροι, άρρωστοι, έγκυες, νήπια, κείτονταν απανθρακωμένα μέσα στα ερείπια των σπιτιών τους. Τα θύματα της φωτιάς υπολογίζονται σε 100.
Ιδού πως περιγράφει την καταστροφή ο Ιταλός δημοσιογράφος Ρομπέρτο Λάργκο στην ανταπόκρισή του, που δημοσιεύτηκε στις 18 Ιουλίου 1913 στη μεγάλη ιταλική εφημερίδα Corriere della Sera: «Οι στρατιώται και αξιωματικοί επεδόθησαν εις πράξεις ανηκούστου βαρβαρότητας. Εισήρχοντο βιαίως εις τας οικίας και διέτρεχον απειλητικοί τας οδούς. Τους μεν εβασάνιζαν, τους δε γέροντας και ασθενείς έδερον και μετέδιδον το πυρ εις όλα τα καταστήματα και εις τα μέγαρα. Επετέθησαν και κατά του ελληνικού νοσοκομείου και έρριξαν εκτός αυτού τους ασθενείς είς τινα κήπον. Έπειτα επυρπόλησαν το φιλανθρωπικόν τούτο καθίδρυμα. Οι Βούλγαροι διέτρεχον τας οδούς φέροντες μεθ’ εαυτών δοχεία βενζίνης και πετρελαίου, βρέχοντες δε τας οδούς και ραντίζοντες τας οικίας έθετον ακολούθως πυρ. Αυτός ο αρχηγός της Χωροφυλακής εθεάθη περιφερόμενος ανά την πόλιν και μεταδίδων το πυρ. Αι Σέρραι ήταν πλουσία πόλις, έχουσα 30.000 κατοίκους. Τώρα είναι σωρός ερειπίων».
Από τις κατεστραμμένες Σέρρες, ο Κύπριος δημοσιογράφος Χρήστος Παντελίδης θα γράψει στην εφημερίδα της Λεμεσού Σάλπιγγα, τον Αύγουστο του 1913: «Θα ανεγνώσατε πολλάς περιγραφάς των καταστροφών εις αθηναϊκάς εφημερίδας. Σας βεβαιώ, ότι δεν αποδίδουν ουδέ κατά προσέγγισιν το μέγεθος της συμφοράς. Είναι όλοι κατώτεραι της πραγματικότητας. Δεν θα αναλάβω να σας το περιγράψω εγώ διότι ωρισμένως θα υστερήσω πολύ περισσότερον. Φαντασθήτε μόνον μίαν πλουσίαν πόλιν με μεγαλοπρεπείς οικοδομάς, με πλούσια καταστήματα μεταβαλλόμενην αίφνης εις έναν άμορφον σωρόν ερειπίων. Εκ των 24 εκκλησιών μόνον 3 διασώθηκαν. Όλη η ελληνική συνοικία είναι κατεστραμμένη. Μόνο μέρος της τουρκικής σώζεται, όπου κατέφυγαν και οι λοιποί».
Αυτό το φρικτό θέαμα αντίκρισαν οι πρώτοι Έλληνες στρατιώτες της 7ης Μεραρχίας, όταν γύρω στις 6 μ.μ. της 28ης Ιουνίου έφθασαν στις παρυφές και κατόπιν μπήκαν στην κατεστραμμένη πόλη. Το πυροβολικό από τον Λευκώνα άρχισε να κανονιοβολεί τις θέσεις των Βουλγάρων στα υψώματα της Καμενίκιας και τους εξανάγκασε να εγκαταλείψουν τις Σέρρες.
Το ίδιο βράδυ, ο διοικητής της 7ης Μεραρχίας συνταγματάρχης Ναπολέων Σωτήλης έστειλε στο στρατηγείο το ακόλουθο τηλεγράφημα: «Πόλις Σερρών εκάη ολόκληρος εξαιρέσει Τουρκικής και Εβραϊκής συνοικίας. Αγορά εκάη επίσης. Πληθύς γυναικοπαίδων ευρέθησαν φονευμένα ή απανθρακωμένα εντός οικιών. Πόλις στερείται άρτου. Απόλυτος ανάγκη ληφθώσι μέτρα συντόνως προς τη διατροφήν πληθυσμού. Άστεγοι υπερβαίνουσι 20.000». Ωστόσο γρήγορα διαπιστώθηκε ότι είχαν πυρποληθεί και η τουρκική και η εβραϊκή συνοικία.
Την άλλη μέρα το πρωί, 29 Ιουνίου του 1913, ο συνταγματάρχης Σωτήλης κατέλαβε επίσημα την πόλη των Σερρών και στην προκήρυξη που εξέδωσε ανέφερε:
«Εν ονόματι του βασιλέως των Ελλήνων Κωνσταντίνου, απελευθερώ τας Σέρρας από του ζυγού των βαρβάρων και ειδεχθών επιδρομέων, καταλαμβάνω την πόλιν, προσκαλώ δε πάντας τους κατοίκους ανεξαρτήτως φυλής, γλώσσης και θρησκεύματος να επανέλθωσιν εις τας ειρηνικάς αυτών ασχολίας, βέβαιοι όντες ότι υπό το σκήπτρον της Αυτού Μεγαλειότητος του βασιλέως μας, και υπό την προστασίαν του ανδρείου αυτού στρατού θέλουσιν απολαμβάνει και απολύτου ισονομίας και εξασφαλίσεως τιμής και περιουσίας.
Ζήτω ο βασιλεύς Κωνσταντίνος ο Μέγας
Ζήτω ο λαός των Σερρών».
Οι Σερραίοι, με αισθήματα χαρμολύπης, υποδέχθηκαν τον απελευθερωτή τους με κωδωνοκρουσίες στον Άγιο Γεώργιο Κρυονερίτη. Ο μητροπολίτης Απόστολος στην προσφώνησή του τόνισε χαρακτηριστικά: «Σήμερα καταργείται για πάντα η δουλεία και τελείται το εθνικό Πάσχα των Σερραίων». Στη συνέχεια ψάλθηκε δοξολογία και ακολούθησε η εγκατάσταση των ελληνικών Αρχών στο Διοικητήριο.
Πρώτος φρούραρχος της πόλης ανέλαβε ο ταγματάρχης Κωνσταντίνος Μαζαράκης, ο καπετάν Ακρίτας του Μακεδονικού Αγώνα.
Τις επόμενες ημέρες ο ελληνικός Τύπος θα δώσει μεγάλη έμφαση στην τραγική κατάσταση που είχε ανακύψει στην πόλη των Σερρών. Ο Κύπριος δημοσιογράφος Χρήστος Παντελίδης θα γράψει στην εφημερίδα Σάλπιγγα της Λεμεσού: «Την διατροφήν των αστέγων ανέλαβε η ελληνική κυβέρνησις, συγκινητικώτατον δε ήτο το θέαμα χιλιάδων Ελλήνων και Τούρκων παρουσιαζομένων προ της Πλατείας Διοικητηρίου και εναγωνίως περιμενόντων τον άρτον της μητρικής κυβερνήσεως».
Στο διπλωματικό πεδίο, η κυβέρνηση του Ελευθερίου Βενιζέλου θα απευθύνει έντονη διαμαρτυρία προς τις Μεγάλες Δυνάμεις της εποχής για τις βουλγαρικές ωμότητες, ενώ ο βασιλιάς Κωνσταντίνος θα απειλήσει με αντίποινα. Στις αρχές Ιουλίου του 1913 τις καθημαγμένες Σέρρες θα επισκεφτούν οι γενικοί πρόξενοι της Ιταλίας και της Αυστροουγγαρίας στη Θεσσαλονίκη, οι οποίοι θα επιβεβαιώσουν το μέγεθος της καταστροφής.
