Λίγα χρόνια μετά την εγκατάσταση των Πόντιων προσφύγων στην Καλαμαριά, και παρά τις δυσκολίες, μια ομάδα πέντε ατόμων είχε την ιδέα να ιδρύσει έναν σύλλογο με σκοπό τη διάδοση της μουσικής. Αρχικά, τα μέλη του συγκεντρώνονταν κι έπαιζαν μαντολίνο και κιθάρα, και γι’ αυτό ως έμβλημα επιλέχθηκε ο αρχαίος Έλληνας θεός της μουσικής, Απόλλων.
Ως ημερομηνία ίδρυσης του Μορφωτικού Γυμναστικού Συλλόγου Απόλλων δίνεται η 24η Ιανουαρίου.
Τα χρώματα του συλλόγου αποφασίστηκε να είναι το κόκκινο, που συμβολίζει το αίμα των χιλιάδων προσφύγων που έχασαν τη ζωή τους στον Πόντο, και το μαύρο, που συμβολίζει το πένθος για τον ξεριζωμό από τις αλησμόνητες πατρίδες. Τα ιδρυτικά μέλη ήταν οι: Πλούτων Αγαθόπουλος, Γεώργιος Αργυράκος, Νικόλαος Αργυρόπουλος, Εμμανουήλ Μαγιόπουλος (πρώτος πρόεδρος του συλλόγου), Θεόδωρος Μάνος, Χαράλαμπος Οδοντόπουλος και Κωνσταντίνος Σαββαΐδης.
Μετά το μουσικό τμήμα (μαντολινάτα) δημιουργήθηκε και το καλλιτεχνικό, του οποίου οι θεατρικές παραστάσεις άφησαν εποχή τόσο στην Καλαμαριά όσο και στη βόρεια Ελλάδα, όπου περιόδευε. Τα δύο τμήματα λειτούργησαν με επιτυχία μέχρι τον πόλεμο του 1940.
Η ποδοσφαιρική ομάδα δημιουργήθηκε το 1928, αποτελούμενη κυρίως από Πόντιους αθλητές για πολλά χρόνια. Πήρε μέρος για πρώτη φορά στο τοπικό πρωτάθλημα της ΕΠΣΜ στη Γ΄ κατηγορία και ανακηρύχθηκε πρωταθλήτρια. Τον επόμενο χρόνο (1929) αγωνίστηκε στο πρωτάθλημα της Β΄ κατηγορίας μέχρι το 1932, οπότε και αναδείχθηκε πάλι πρωταθλήτρια. Στη συνέχεια έχασε στον αγώνα διαβάθμισης για άνοδο στην Α΄ κατηγορία και αρκετοί παίκτες αποχώρησαν για τον ΠΑΟΚ, οι οποίοι τελικά τιμωρήθηκαν βάσει του ισχύοντος κανονισμού.
Το 1936 επέστρεψαν οι αποχωρήσαντες παίκτες, και το ποδοσφαιρικό τμήμα αναδιοργανώθηκε. Την περίοδο 1938-1939 ο Απόλλων αναδείχθηκε πρωταθλητής στη Β΄ κατηγορία και ανέβηκε στην Α΄, στην οποία αγωνίστηκε κατά την ποδοσφαιρική περίοδο 1939-1940.
Κατά τη διάρκεια της Κατοχής, και ενώ είχε ατονήσει κάθε αθλητική δραστηριότητα, ο Απόλλων Καλαμαριάς συνέχισε να λειτουργεί το ποδοσφαιρικό τμήμα. Διαμόρφωσε σε γήπεδο την πλατεία του δήμου και διοργάνωσε εκεί ποδοσφαιρικούς αγώνες με επίλεκτους από τους διάφορους συλλόγους της Θεσσαλονίκης.
Μετά από αρκετά χρόνια στη Β΄ και την Α΄ κατηγορία της ΕΠΣΜ, την περίοδο 1957-58, αναδείχθηκε πρωταθλητής Α΄ κατηγορίας, κερδίζοντας ΠΑΟΚ, Άρη και Ηρακλή. Στη συνέχεια συμμετείχε για πρώτη φορά στο πανελλήνιο πρωτάθλημα των 16 ομάδων. Τον Σεπτέμβριο του 1959 δημιουργήθηκε η Α΄ Εθνική κατηγορία με 16 ομάδες, μεταξύ των οποίων και ο Απόλλων.
Το 1963 για πρώτη φορά ένας ποδοσφαιριστής του, ο Παναγιώτης Κυπριανίδης, αγωνίστηκε στην εθνική ομάδα.
Αρκετοί παίκτες του Απόλλωνα έφευγαν για άλλες ομάδες και συνέπεια ήταν η αποδυνάμωσή του και η συμμετοχή του στη Β΄ Εθνική και Α΄ κατηγορία ΕΠΣΜ από το 1965 ως το 1983, εκτός από τρεις σεζόν, κατά τις οποίες πανηγύρισε κάποιες σημαντικές νίκες.
Το 1983 ο Απόλλων επέστρεψε ως ΠΑΕ στην Α΄ Εθνική, στην οποία έμεινε για επτά σεζόν. Μετά από τρία χρόνια στη Β΄ Εθνική, επέστρεψε πάλι στα σαλόνια της πρώτης κατηγορίας, αλλά δεν κατάφερε να παραμείνει. Στη συνέχεια ακολούθησαν δύσκολα χρόνια με διοικητικά αδιέξοδα, αλλά κατάφερε να αποφύγει τη διάλυση και το 2004 επέστρεψε στην Α΄ Εθνική. Το 2007-08 υποβιβάστηκε στη Β΄ Εθνική λόγω της πολύκροτης υπόθεσης Βάλνερ, και ακολούθησαν δύσκολα χρόνια για τους Ροσονέρι που ταλαιπωρήθηκαν στις μικρές κατηγορίες.
Το 2015 τον Απόλλωνα ανέλαβε ο Άλεξ Κάλας, ο οποίος την οδήγησε στη Football League όπου και αγωνίζεται φέτος, έχοντας βάλει σταθερές και υγιείς βάσεις, προκειμένου να επιστρέψει τα επόμενα χρόνια στη Super League.
Το ιδιόκτητο γήπεδο του Απόλλωνα
Σημαντικό κεφάλαιο στην ιστορία του Απόλλωνα αποτελεί το θέμα του γηπέδου. Το 1959 ο τότε υφυπουργός Εθνικής Άμυνας Γεώργιος Θεμελής παραχώρησε στο σύλλογο 33 στρέμματα από το χώρο του στρατοπέδου του Μικρού Εμβόλου για τη δημιουργία του γηπέδου. Η πρώτη δόση για την εξόφληση του γηπέδου, το οποίο παραχωρήθηκε έναντι 65 δρχ. το τετραγωνικό μέτρο, κατεβλήθη το 1960. Οικονομικά συνέβαλε και η Γενική Γραμματεία Αθλητισμού, με την κατασκευή του γηπέδου να ξεκινά χάρη στην προσωπική εργασία εκατοντάδων απολλωνιστών και την προσφορά τους σε οικοδομικά υλικά για την αποπεράτωση του έργου.
Η ονομασία και το έμβλημα
Η ομάδα από το 1926 είναι γνωστή ως Απόλλων Καλαμαριάς, αλλά δύο φορές έχει αλλάξει ονομασία. Όταν έγινε ΠΑΕ εκ νέου το 2011, μετονομάστηκε σε ΠΑΕ Απόλλων 1926. Το καλοκαίρι του 2017, όταν επέστρεψε και πάλι στις επαγγελματικές κατηγορίες, αποφασίστηκε να μετονομαστεί σε ΠΑΕ Απόλλων Πόντου, θέλοντας κυρίως να τιμήσει την ποντιακή καταγωγή του, ενώ αποτελεί ευθεία αναφορά στην ομάδα Απόλλων Πόντου που υπήρχε στην Τραπεζούντα από το 1904 μέχρι και τη Γενοκτονία. Το 2017 διαφοροποιήθηκε και το έμβλημα της ομάδας, καθώς η εικόνα του θεού Απόλλωνα περικλείεται πλέον στον αετό του Πόντου.
