Χρειάστηκαν 63 χρόνια για να εντοπιστεί από τον δύτη Κώστα Θωκταρίδη και την ομάδα του το «Τρεις Ιεράρχαι» που βυθίστηκε αύτανδρο στις 14 Φεβρουαρίου 1959. Το υποβρύχιο ρομποτικό όχημα «Super Achille» έδειξε ότι το ναυάγιο βρίσκεται βορειοδυτικά της Μακρονήσου σε βάθος 87,2 μ.
Το μότορσιπ (πρώην «Πηνειός» του Πολεμικού Ναυτικού) είχε αποπλεύσει από τον Πειραιά την προηγούμενη της βύθισής του στις 17:10 μεταφέροντας 378 τόνους καλαμπόκι-αραβόσιτο. Επρόκειτο να ξεφορτώσει αρχικά 278 τόνους στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης και στη συνέχεια θα μετέφερε το υπόλοιπο φορτίο στο Πόρτο Λάγος Ξάνθης.
Αφότου φορτώθηκαν στα αμπάρια τα σιτηρά, στο κατάστρωμα μπήκαν τρία στρατιωτικά φορτηγά 6×6 τύπου GMC (General Motors Corporation Truck) συνολικού βάρους 14,4 τόνων ως μεταφορά για λογαριασμό του Ελληνικού Στρατού.
Την ημέρα του απόπλου όμως επικρατούσαν δυσμενείς καιρικές συνθήκες με ανέμους που πλησίαζαν τα 8 μποφόρ. Το πλοίο δεν έφθασε ποτέ στον προορισμό του· κανένας από το 9μελές πλήρωμα δεν διασώθηκε και δεν εστάλη ποτέ σήμα SOS παρόλο που υπήρχε ασύρματος.
Μία ημέρα μετά στ’ ανοιχτά της παραλίας Πούντα Ζέζα του Λαυρίου εντοπίστηκαν λέμβος και ένα ξύλινο κάλυμμα του αμπαριού. Στη βραχονησίδα Άγιος Γεώργιος βρέθηκε ανάκλιντρο καθίσματος που αναγνωρίστηκε ότι άνηκε στα φορτηγά που μετέφερε το πλοίο. Αυτά ήταν και τα μοναδικά ευρήματα που μαρτυρούσαν τι είχε συμβεί.
Όπως διαπιστώθηκε κατά την ταυτοποίησή του, το τιμόνι-πηδάλιο του μότορσιπ είναι στη θέση όλο αριστερά, ενώ τα τρία στρατιωτικά φορτηγά βρέθηκαν εκτός ναυαγίου, διασκορπισμένα στο βυθό.
