Γεννήθηκε το 1877 στα Πέρματα του Ικονίου της Μικράς Ασίας, αλλά η καταγωγή του ήταν από την περιοχή της Πάφρας του Πόντου. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και μετά την αποφοίτησή του υπηρέτησε ως εφημέριος στην Ιερά Μητρόπολη Κυζίκου και αργότερα ως πρωτοσύγκελος στην Ιερά Μητρόπολη Θεσσαλονίκης, όπου πρόσφερε σημαντικές υπηρεσίες στον Μακεδονικό Αγώνα, συνεργαζόμενος με τον πρόξενο Λάμπρο Κορομηλά και τον μακεδονομάχο Αθανάσιο Σουλιώτη.
Στη συνέχεια κλήθηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο στην Κωνσταντινούπολη και τοποθετήθηκε ως εφημέριος και ιεροκήρυκας στον ιερό ναό της Αγίας Τριάδας στο Πέρα, στη συνοικία Σταυροδρομίου, όπου διακρίθηκε για την καλοσύνη και την ευσέβειά του. Ακολούθως χειροτονήθηκε βοηθός επίσκοπος του μητροπολίτη Πελαγονίας Ιωακείμ Φοροπούλου (με έδρα το Μοναστήρι), υπό τον τίτλο του επισκόπου Πέτρας.
Το 1908 ορίστηκε μητροπολίτης Γρεβενών και διακρίθηκε για την έντονη εθνική δράση του στον Μακεδονικό Αγώνα.
Ο Μητροπολίτης Γρεβενών Αιμιλιανός αποτέλεσε στυλοβάτη του μακεδονικού ελληνισμού προασπίζοντας την ταυτότητα των κατοίκων της ευρύτερης περιοχής των Γρεβενών. Ενίσχυε ουσιαστικά την προσπάθεια υποστήριξης και διαφύλαξης των Ελλήνων ορθοδόξων που απαιτούνταν μετά την τυπική λήξη του Μακεδονικού Αγώνα. Στην προσπάθειά του να στηρίξει το ποίμνιό του πραγματοποιούσε περιοδείες σε όλα τα χωριά της επαρχίας, κηρύττοντας το Ευαγγέλιο και ενθαρρύνοντας τους χριστιανούς. Φρόντισε για την ίδρυση και τη συντήρηση ελληνικών σχολείων και ορθόδοξων ναών. Για το λόγο αυτόν τέθηκε στο στόχαστρο των Νεότουρκων αλλά και των κομιτατζήδων.
Στις 30 Σεπτεμβρίου 1911, κατά τη μετάβασή του στην εκκλησία του χωριού Γκριντάδες όπου θα λειτουργούσε, δολοφονήθηκε από τους κομιτατζήδες μαζί με τον διάκονο Δημήτριο Αναγνώστου και τον συνοδό-αγωγιάτη του. Ο θάνατός του υπήρξε μαρτυρικός και φρικαλέος. Καθώς η δολοφονία έγινε σε δάσος και εν κρυπτώ, ο Αιμιλιανός και η συνοδεία του θεωρούνταν «εξαφανισμένοι» από τους κατοίκους. Μετά από έρευνες βρέθηκαν οι σοροί του Αιμιλιανού και των άλλων δύο συνοδοιπόρων του σε γειτονικό δάσος. Αργότερα τα λείψανα των νεομαρτύρων εκτέθηκαν σε δημόσιο προσκύνημα και τάφηκαν στις 11 Οκτωβρίου στα Γρεβενά, κοντά στο συνοικισμό Βαρόσι.
Οι κάτοικοι των Γρεβενών τον τιμούν ως ιεροεθνομάρτυρα. Το χωριό Γκριντάδες μετονομάστηκε σε Αιμιλιανός και το Σχίνοβο σε Δεσπότης, καθώς στο δάσος μεταξύ αυτών μαρτύρησε.
Στο ακριβές σημείο όπου δολοφονήθηκε κατασκευάστηκαν ναός και κενοτάφιο, όπου κάθε χρόνο τελείται Θεία Λειτουργία και Τρισάγιο το πρώτο Σάββατο του Οκτωβρίου.
Προς τιμήν του, οδοί που φέρουν το όνομά του βρίσκονται στη Νέα Σμύρνη, τη Νέα Ιωνία, τη Θεσσαλονίκη, τη Σταυρούπολη, το Πανόραμα, την Κομοτηνή, την Κοζάνη, την Καστοριά και την Καλαμαριά. Προτομές του υπάρχουν στα Γρεβενά, στην κεντρική πλατεία Αιμιλιανού, καθώς και στη Θεσσαλονίκη, στην οδό Αριστοτέλους. Ο ανδριάντας του αναγέρθηκε στο Επισκοπείο Γρεβενών.
