Το 1989 η Πολιτεία κήρυξε τη Μακρόνησο ιστορικό τόπο και τα κατάλοιπα των στρατοπέδων διατηρητέα κτήρια, ενώ το 1995 θεσμοθετήθηκαν ειδικές χρήσης γης. Πλέον, όμως, ολόκληρο το νησί θεωρείται αρχαιολογικός χώρος, μετά την ομόφωνη γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου (ΚΑΣ).
Τα τελευταία χρόνια η Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων διεξάγει έρευνες πεδίου, ενώ από το 2015, μετά από εκτεταμένες έρευνες της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, οριοθετήθηκαν πέντε αρχαία ναυάγια.
Τα πρώτα ανθρωπογενή κατάλοιπα χρονολογούνται στα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ., ενώ ο πρώτος εντοπισμένος οικισμός του νησιού ιδρύθηκε στη θέση Προβάτσα, στα δυτικά, κατά την πρώιμη Εποχή του Χαλκού. «Ιδιαίτερη σημασία έχει η μεταλλουργική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε εκεί, παράλληλα με την αντίστοιχη δραστηριότητα στον Θορικό της Αττικής, όπως καταδεικνύουν τα λείψανα κυπέλλωσης μολυβδούχου αργύρου που έχουν εντοπιστεί», σημειώνει το υπουργείο Πολιτισμού.
Ο κύριος οικισμός ιδρύθηκε κατά τους αρχαϊκούς χρόνους στην περιοχή που βρίσκεται ο σημερινός ναός του Αγίου Γεωργίου. Κατοικήθηκε έως τον 6ο-7ο αιώνα μ.Χ. και ήδη έχει εντοπιστεί ένα νεκροταφείο της Κλασικής Περιόδου. Οι αρχαιολόγοι σημειώνουν ότι η μεγάλη διασπορά αρχαιολογικών θέσεων των ιστορικών χρόνων σε όλη την έκταση της Μακρονήσου, τόσο στα παράλια όσο και στην ενδοχώρα, πρέπει να συνδεθεί αφενός με τη μεταλλοφορία του νησιού και αφετέρου με την κρίσιμη γεωγραφική του θέση στο Αιγαίο.
