Η στάση που κράτησαν οι Ανεξάρτητοι Έλληνες στη συμφωνία με την πΓΔΜ για το ονοματολογικό προκάλεσε μεγάλες αντιδράσεις στο εσωτερικό του κόμματος και υπήρξαν αρκετές αποχωρήσεις μελών, αλλά και αντιδράσεις.
Στα Χανιά, όπου έγιναν τα εγκαίνια των νέων γραφείων, συγκεντρώθηκαν διαδηλωτές και υπήρξε ένταση.
Εκτός από τα συνθήματα για τη Μακεδονία, αποδοκιμάστηκε έντονα η υπουργό Τουρισμού Έλενα Κουντουρά, αλλά και μέλη των ΑΝΕΛ. Η υπουργός δικαιολόγησε τη στάση του κόμματος στην πρόταση μομφής που κατέθεσε η Νέα Δημοκρατία, λέγοντας ότι στόχος ήταν η αποσταθεροποίηση και να πέσει η κυβέρνηση.
Στη δυτική Μακεδονία, την παραίτησή τους στα όργανα του κόμματος υπέβαλλαν 12 μέλη και στελέχη των συντονιστικών επιτροπών. Στην ανακοίνωση τους αναφέρουν ότι με αφορμή τη συμφωνία του ονόματος της πΓΔΜ «παραβιάστηκε η κόκκινη γραμμή που είχαμε θέσει ως Ανεξάρτητοι Έλληνες για το συγκεκριμένο ζήτημα, στον σχηματισμό κυβέρνησης εθνικού σκοπού με τον ΣΥΡΙΖΑ» και καταλήγουν ότι «η μόνη πράξη αξιοπρέπειας είναι η υποβολή των παραιτήσεων» προς τα όργανα του Κινήματος. Σημειώνουν ότι ο Πάνος Καμμένος «είναι ένας έντιμος και καθαρός πολιτικός» αλλά εκφράζουν την άποψη ότι «έκανε λάθος εκτίμηση στο ζήτημα της διαπραγμάτευσης και τελικώς της συμφωνίας με το κράτος των Σκοπίων».
Την επιστολή παραίτησης υπογράφει το μέλος του Εθνικού Συμβουλίου του κόμματος και αντιπεριφερειάρχης Κοζάνης Παναγιώτης Πλακεντάς, πολιτευτές, μέλη και στελέχη των τεσσάρων συντονιστικών επιτροπών του κόμματος.
