Ο Αγάθωνας Μιχαηλίδης γεννήθηκε στον Ευαγγελισμό του Λαγκαδά Θεσσαλονίκης στις 2 Ιανουαρίου 1955. Οι γονείς του ήταν πρόσφυγες από τη Μικρασία, κι αυτό καθόρισε τα πρώτα του ακούσματα. Άρχισε να ασχολείται με τη μουσική το 1971, και σταδιακά έμαθε μόνος του να παίζει σχεδόν όλα τα έγχορδα όργανα των ρεμπέτικων τραγουδιών, δηλαδή κιθάρα, μπαγλαμά, ούτι, μπουζούκι, τζουρά, μάντολα, μαντολίνο.
Το 1973 έκανε την πρώτη του επαγγελματική εμφάνιση σε μπουάτ της Θεσσαλονίκης.
Αμέσως συνειδητοποίησε πως η μουσική που τον εκφράζει και του ταιριάζει είναι η ρεμπέτικη και αφιερώθηκε σ’ αυτήν αποκλειστικά. Καθώς είχε στην κατοχή του πολλούς σπάνιους δίσκους γραμμοφώνου με ρεμπέτικα τραγούδια, αξιοποιούσε τη συλλογή του σε ραδιοφωνικές μουσικές εκπομπές.
Το 1977 δημιούργησε το «Ρεμπέτικο συγκρότημα Θεσσαλονίκης», με το οποίο έπαιζαν σε μαγαζιά, έδιναν συναυλίες και ηχογράφησαν δύο δίσκους. Το 1981 αποφάσισε να μετακομίσει (προσωρινά) στην Αθήνα, όπου συνεργάστηκε με γνωστούς καλλιτέχνες της λαϊκής μουσικής: Κώστας Παπαδόπουλος, Γιώργος Κόρος, Βασίλης Σούκας, Λάζαρος Κουταλίδης, Νίκος Φιλιππίδης και Νίκος Χατζόπουλος ήταν κάποιοι από αυτούς. Από το 1987 επέστρεψε στη Θεσσαλονίκη.
Η δισκογραφία του αφορούσε αποκλειστικά το ρεμπέτικο. Είχε ερμηνεύσει πολλά δημοφιλή ρεμπέτικα αλλά και παλιά, άγνωστα τραγούδια που έχει ανασύρει από το πλούσιο αρχειακό υλικό που είχε.
Το 2013 αποδέχθηκε την πρόσκληση του συγκροτήματος «Κόζα Μόστρα» να συμμετάσχει μαζί τους στο Φεστιβάλ της Eurovision, στο Μάλμε της Σουηδίας, με το τραγούδι «Alcohol is Free», με το οποίο προκρίθηκαν στον τελικό της διοργάνωσης όπου κατέλαβαν την 6η θέση. Αυτή η συμμετοχή του ήταν και η αφορμή να τον γνωρίσουν οι νεότερες γενιές, που λίγα ακούσματα είχαν από το ρεμπέτικο της δεκαετίας του 1980 που ο Αγάθωνας είχε διαμορφώσει καθοριστικά.
Ο Αγάθωνας πέθανε στις 5 Αυγούστου 2020 από καρδιακή προσβολή, κατά τη διάρκεια του ύπνου του.
