Σωρεία προβλημάτων στη λειτουργία της «Κιβωτού του Κόσμου», με σοβαρές συνακόλουθες παραβιάσεις δικαιωμάτων των παιδιών που φιλοξενούνταν στις δομές της, αναδεικνύει η έρευνα του Συνηγόρου του Πολίτη που απεστάλη στην υφυπουργό Δόμνα Μιχαηλίδου.
Το πόρισμα αναφέρει ότι μεταξύ άλλων «διαπιστώθηκαν αυθαίρετες και επιζήμιες για τα παιδιά πρακτικές που αφορούσαν σε βασικούς τομείς της ζωής τους, όπως τη διαχείριση της συμπεριφοράς και των δυσκολιών τους, την εκπαίδευση και προετοιμασία για την ένταξή τους στην αγορά εργασίας, την επικοινωνία με την οικογένεια τους και άλλα πρόσωπα εκτός της οργάνωσης, το σεβασμό της προσωπικότητας και της ιδιωτικής τους ζωής, και την κοινωνική τους ζωή και συμμετοχή με τρόπο ανάλογο με τους λοιπούς συνομηλίκους τους».
Για τον πατέρα Αντώνιο τονίζεται ότι μολονότι δεν συμμετείχε στο Διοικητικό Συμβούλιο, είχε πρωταρχικό ρόλο στη λειτουργία της οργάνωσης και στη λήψη αποφάσεων σε όλους τους τομείς. Σε έγγραφα χαρακτηρίζεται ως «πνευματικός πατέρας» των παιδιών και «το πιο σημαντικό πρόσωπο αναφοράς».
Κατά συνέπεια, σημειώνει ο Συνήγορος του Πολίτη, το μοντέλο λειτουργίας της οργάνωσης, το οποίο βασίζονταν στην κρίση του π. Αντωνίου και στις απόψεις του για τη διαπαιδαγώγηση και την εν γένει μεταχείριση των παιδιών, δεν επιδέχονταν κριτικής ή αμφισβήτησης και εφαρμόζονταν σε όλα τα παραρτήματα, υπό την εποπτεία μιας ομάδας στενών συνεργατών του, κάποιοι εκ των οποίων συμμετείχαν και στη διοίκηση.
Προστίθεται δε ότι βασικό πρόβλημα αποτελεί το γεγονός ότι υπήρξε απουσία ελέγχου λόγω του κύρους και της ευρείας κοινωνικής αποδοχής που περιβάλλαν τη δημόσια εικόνα του ιδρυτή της οργάνωσης, και τα οποία «είχαν καταστήσει την “Κιβωτό του Κόσμου” ουσιαστικά υπεράνω κριτικής ή ελέγχου από τους αρμόδιους φορείς της Πολιτείας».
Στο πόρισμα διαπιστώνονται πολλά προβλήματα που δεν αποτυπώνονται στις εκθέσεις ελέγχου των αρμοδίων κοινωνικών συμβούλων, οι οποίες περιορίζονται σε καταγραφή στοιχείων για τη νομική μορφή, την αδειοδότηση, τη στελέχωση και τις κτηριακές εγκαταστάσεις των δομών, χωρίς αναφορά στην ποιότητα της παρεχόμενης φροντίδας ή στα δικαιώματα των φιλοξενούμενων παιδιών, μολονότι σε κάποιες από αυτές μνημονεύεται η αδυναμία διενέργειας ουσιαστικού ελέγχου στους τομείς αυτούς.
Όπως συνοψίζεται στο πόρισμα: «Η απουσία μέχρι πρότινος θεσμικού πλαισίου για τη λειτουργία των Μονάδων Παιδικής Προστασίας του ιδιωτικού τομέα, σε συνδυασμό με την ανεπάρκεια των μηχανισμών και διαδικασιών ελέγχου, συνέβαλαν στη λειτουργία των δομών φιλοξενίας της “Κιβωτού του Κόσμου” επί σειρά ετών βάσει ενός ιδιότυπου και αυθαίρετου συστήματος κανόνων εμπνεύσεως του ιδρυτή της, το οποίο δεν επιδέχονταν αμφισβήτησης, μολονότι παράβλεπε τα σύγχρονα δεδομένα και αντιλήψεις για την ανατροφή και τις ανάγκες των παιδιών, αλλά και τις προβλέψεις της νομοθεσίας σχετικά με τα δικαιώματά τους».
