Κεφάλαιο του ποντιακού ελληνισμού, οραματιστής, αγωνιστής του Εθνικού Συμβουλίου του Πόντου, πρωτεργάτης της ίδρυσης της Ευξείνου Λέσχης Θεσσαλονίκης και πνευματικός ταγός.
Είδε το φως το 1884 στο χωριό Τσίτη της Αργυρούπολης, αλλά έμεινε νωρίς ορφανός από μητέρα και μεγάλωσε στα χέρια της γιαγιάς του Άννας, το όνομα της οποίας φέρει μια μεγάλη ποντιακή φυσιογνωμία, η κόρη του Θ. Θεοφυλάκτου και της Ιφιγένειας Κογκαλίδη, Άννα Θεοφυλάκτου.
Σχολαρχείο και γυμνάσιο παρακολούθησε ο Θ. Θεοφυλάκτου στην Τραπεζούντα πριν φύγει για την Αθήνα όπου φοίτησε στην Ιατρική Σχολή. Το 1907 αναγορεύτηκε διδάκτωρ Χειρουργικής και Μαιευτικής, αλλά συνέχισε τις σπουδές του στο Παρίσι στην οφθαλμολογία και την ωτορινολαρυγγολογία. Ολοκληρώνοντας και αυτόν τον κύκλο, το 1910 επέστρεψε στην Τραπεζούντα όπου άνοιξε κλινική, δραστηριοποιήθηκε όμως αμέσως και στην κοινότητα διαπνεόμενος από αισθήματα αγώνα και αλληλεγγύης προς τον συνάνθρωπο.
Με πρωτοβουλία του ιδρύθηκε το Λύκειο Γουμεράς (1913) μέσα στο μοναστήρι.
Το 1913 παντρεύτηκε την Ιφιγένεια, έκανε τον γιο του και μετέβη στο Βατούμ, με την κήρυξη του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου.
Το 1916 επέστρεψε στη ρωσοκρατούμενη Τραπεζούντα, όπου ανέλαβε διευθυντής του ρωσικού νοσοκομείου της πόλης ενώ έγινε και πρόεδρος του Φιλεκπαιδευτικού Μορφωτικού Συλλόγου «Ξενοφών», μέλος της Φιλοπτώχου Αδελφότητος, και μέλος της Επιτροπής Προσφύγων που φρόντιζε για τα ορφανοτροφεία, την υγειονομική προστασία και την οργάνωση συσσιτίων. Εκείνη την εποχή κυκλοφόρησε και το περιοδικό Οι Κομνηνοί. Με την αποχώρηση των Ρώσων από την Τραπεζούντα επέστρεψε στο Βατούμ. Εκεί συγκροτήθηκε το Εθνικό Συμβούλιο Πόντου –ένα είδος προσωρινής κυβέρνησης– του οποίου ο Θεοφυλάκτου ανέλαβε αντιπρόεδρος με πρόεδρο τον Βασίλειο Ιωαννίδη.
Για να βοηθήσει το έργο της επικοινωνίας και να υπηρετήσει το σκοπό του Συμβουλίου εξέδωσε την εφημερίδα Ελεύθερος Πόντος. Όμως η συνάντησή του με τον Βενιζέλο το 1920 σκότωσε τα όνειρα. Ήταν τότε που άκουσε να λέγεται ότι «ο πόθος των Ποντίων» για ανεξάρτητο Πόντο «δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί». Αργότερα, το ποντιακό ζήτημα αποτέλεσε το κεντρικό θέμα στο βιβλίο του Γύρω από την άσβεστη φλόγα, που εκδόθηκε το 1958.
Ο Θεοφυλάκτου βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη ασκώντας το λειτούργημα του ιατρού όταν το 1922 τον βρήκε μαζί με εκατοντάδες χιλιάδες Έλληνες το κακό του ξεριζωμού και της προσφυγιάς. Η νέα του πατρίδα είναι η Θεσσαλονίκη. Και εδώ όμως έπιασε δουλειά… Εργάστηκε αόκνως για την αποκατάσταση των προσφύγων συνεργαζόμενος με τις προσφυγικές οργανώσεις, την Ένωση Κωνσταντινουπολιτών, το Σύλλογο Ποντίων, την Ομοσπονδία Ποντίων, τη Συνομοσπονδία Ποντίων (προσφύγων).
Η προσφυγιά γέννησε την ανάγκη διάσωσης της μνήμης και ο Θεοφυλάκτου την υπηρέτησε.
Υπήρξε ο εμπνευστής της Επιτροπής Ποντιακών Μελετών, η οποία ιδρύθηκε το 1927 με πρόεδρο τον τελευταίο μητροπολίτη Τραπεζούντος Χρύσανθο, μετέπειτα Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος.
Ο κορυφαίος γιατρός όμως πρωτοστάτησε και στην ίδρυση της Ευξείνου Λέσχης Θεσσαλονίκης, το 1933, ενώ ήταν και εμπνευστής της ιδέας οργάνωσης των διαλέξεών της υπό μορφή Λαϊκού Πανεπιστημίου.
Την εποχή της Κατοχής δε, ο Θεοφυλάκτου μετέτρεψε τη Λέσχη σε κύτταρο βοήθειας και στήριξης των αναξιοπαθούντων Ποντίων της Θεσσαλονίκης οργανώνοντας συσσίτια και προσφέροντας τις υπηρεσίες του μαζί με άλλους γιατρούς σε όσους το είχαν ανάγκη. Παραδίδεται μάλιστα ότι το διάστημα 1942-43 διέθεσε 150 εκατ. δρχ. της Λέσχης για την περίθαλψη ανθρώπων που είχαν τσακιστεί από τον πόλεμο, για την ενίσχυση του Οίκου Φοιτητού, των φυματικών φοιτητών, για συσσίτια και για τη χρηματοδότηση του Αρχείου Πόντου.
Από το 1928 και για περίπου ένα χρόνο ο Θεοφυλάκτου διατέλεσε επί Ελ. Βενιζέλου υπουργός, Γενικός Διοικητής Θράκης και Ανατολικής Μακεδονίας, αλλά παραιτήθηκε τονίζοντας ότι ο θεσμός της γενικής διοίκησης, αν δεν έχει πραγματική εξουσία, «είναι αργομισθία»!
Για να κατανοήσει κανείς το πνεύμα και την πρωτοποριακή καθαρή σκέψη του Θεοφυλάκτου, αρκεί να δώσει βάση στο περιεχόμενο έκθεσής του, την οποία υπέβαλε το 1929 στον πρωθυπουργό Ελευθέριο Βενιζέλο. Έγραφε σε αυτήν ότι τα προβλήματα θα μπορούσαν να λυθούν αν δεν αποφάσιζε για όλα το Κέντρο! Περιέγραφε επίσης την κατάσταση εγκατάλειψης των παραμεθόριων πληθυσμών όπου θα πρέπει να γίνουν έργα υποδομής και πρότεινε λύσεις για την ενίσχυση της Τοπικής Αυτοδιοίκησης μεταξύ άλλων με εκλογή εκπροσώπων νομών. Αναφερόταν ειδικότερα –κι ας είμαστε στο 1929– στο «αψυχολόγητον» του διορισμού!
Ο Θ. Θεοφυλάκτου απεβίωσε το 1961.
