Στις μεγάλες μεταναστευτικές οδούς των πτηνών θεωρείται ότι βρίσκονται οι εστίες του ιού του Δυτικού Νείλου, ο οποίος για πρώτη φορά απομονώθηκε το 1937 σε μια γυναίκα στην Ουγκάντα και αναγνωρίστηκε το 1953 σε πτηνά στην περιοχή του δέλτα του Νείλου. Τα κουνούπια κολλούν τον ιό όταν θρέφονται από μολυσμένα πουλιά και στη συνέχεια τον μεταδίδουν σε ανθρώπους και ζώα μέσω των τσιμπημάτων καθώς το στέλεχος κυκλοφορεί στο αίμα τους και μπαίνει στους αδένες τους.
Ο ιός μπορεί να μεταδοθεί και μέσω επαφής με το αίμα ή τους ιστούς μολυσμένων ζώων. Μέχρι σήμερα δεν έχει επιβεβαιωθεί μετάδοση από άνθρωπο σε άνθρωπο μέσω της επαφής.
Περίπου το 80% των ανθρώπων που μολύνονται δεν έχουν κανένα σύμπτωμα, ωστόσο το 20% θα αναπτύξει πυρετό του Δυτικού Νείλου. Στα συμπτώματα περιλαμβάνονται: πονοκέφαλος, κόπωση, πόνοι στο σώμα, ναυτία, έμετος, διογκωμένοι λεμφαδένες και περιστασιακά εξανθήματα στον κορμό.
Τα συμπτώματα της σοβαρής νόσου (όπως η εγκεφαλίτιδα του Δυτικού Νείλου, η μηνιγγίτιδα, ή η πολιομυελίτιδα του Δυτικού Νείλου) περιλαμβάνουν: κεφαλαλγία, υψηλό πυρετό, δυσκαμψία του αυχένα, δυσκοιλιότητα, αποπροσανατολισμό, κώμα, τρόμο, σπασμούς, μυϊκή αδυναμία και παράλυση. Υπολογίζεται ότι περίπου 1 στα 150 άτομα που έχουν μολυνθεί με τον ιό του Δυτικού Νείλου θα αναπτύξει μια πιο σοβαρή μορφή ασθένειας.
Η περίοδος επώασης είναι συνήθως 3 έως 14 ημέρες. Στις ομάδες υψηλού κινδύνου ανήκουν όσοι είναι άνω των 50 ετών και άτομα με ανοσοκαταστολή.
