Οι απόψεις του διαψεύδονται από την ιστορική πραγματικότητα, από πλήθος επιστημόνων που δεν είναι όλοι Έλληνες, ωστόσο ο πρώην υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης επιμένει και εμμένει στην άποψη πως οι Πόντιοι δεν υπέστησαν Γενοκτονία αλλά υπήρξαν θύματα εθνοκάθαρσης.
Για ακόμα μία φορά επέκρινε και την Εκκλησία της Ελλάδας υποστηρίζοντας πως συμπεριφέρεται ως μέρος της κοσμικής εξουσίας.
Την όπως φαίνεται πάγια θέση του για τη Γενοκτονία των Ποντίων, επανέλαβε σε συνέντευξή του στην εφημερίδα δημοκρατία και τον δημοσιογράφο Δημήτρη Αλειφερόπουλο, επισημαίνοντας πως είναι φυσικό να διατυπώνονται διαφορετικές απόψεις για το θέμα.
«Το θέμα της τουρκικής θηριωδίας σε βάρος των Ποντίων έχει συζητηθεί στη Βουλή, όπου έχει διατυπωθεί η επίσημη θέση για τη Γενοκτονία. Σε επιστημονικό επίπεδο είναι φυσικό να διατυπώνονται διαφορετικές απόψεις, που όμως δεν αμφισβητούν την ιστορική πραγματικότητα της σφαγής και του ξεριζωμού του Ποντιακού Ελληνισμού, γεγονότα που συνέβησαν πριν από περίπου 100 χρόνια μέσα στο κλίμα της διάλυσης της οθωμανικής αυτοκρατορίας και της ανάδυσης εθνικών κρατών μέσα από πολέμους και εθνοκαθάρσεις, που με βαρύ τίμημα –είναι αλήθεια– οδήγησαν στην εθνική ομοιογένεια των κρατών. Ιδιαίτερα οι Ελληνες Πόντιοι, οι οποίοι ως πρόσφυγες υπέστησαν μειωτικές ή ρατσιστικές συμπεριφορές από συντηρητικούς κύκλους στη χώρα μας, πάλεψαν και αναδείχτηκαν πρωτεργάτες για την οικονομική και την πολιτική ανάπτυξη της χώρας. Τιμούμε, λοιπόν, τη μνήμη των νεκρών τους αλλά και τη μεγάλη συνεισφορά τους στην πρόοδο του Ελληνισμού» απάντησε όταν ερωτήθηκε εάν εμμένει στη θέση του για τη Γενοκτονία των Ποντίων.
(Φωτ.: ΑΠΕ-ΜΠΕ/Γιάννης Κολεσίδης)
Όσο για τη διαμάχη του με την Εκκλησία είπε ότι σέβεται και την Ιστορία και την συμβολή της Ορθοδοξίας στη διαμόρφωση της νεοελληνικής εθνικής ταυτότητας, ωστόσο όπως είπε «ο ερώτημα είναι αν η Εκκλησία θα στηρίζει τη μαρτυρία της προς την κοινωνία στη βάση του μηνύματος του Χριστού -και το φιλανθρωπικό έργο που επιτελεί μέσα στην κρίση εντάσσεται στην αποστολή της- ή αν θα συμπεριφέρεται κυρίως ως μέρος της κρατικής εξουσίας. Σας θυμίζω ότι υπάρχει σχετική απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου από τον 19ο αιώνα, που καταδικάζει τον εθνοφυλετισμό ως αίρεση. Η δύναμη της Εκκλησίας είναι η σύγχρονη κοινωνική παρουσία της, η ικανότητά της να απαντά στα μεγάλα υπαρξιακά ερωτήματα του σύγχρονου ανθρώπου και να παρεμβαίνει κατά της φτώχειας και των κοινωνικών ανισοτήτων, καθώς και κατά της περιβαλλοντικής υποβάθμισης, πάντοτε μέσα από τη δική της οπτική. Τούτων δεδομένων, κανείς δεν μπορεί να τη διαχωρίσει από τον λαό. Αλλο είναι αυτό και άλλο ο διοικητικός χωρισμός κράτους-Εκκλησίας, δηλαδή, οι διακριτοί ρόλοι που πρέπει να καθοριστούν με τη συνταγματική αναθεώρηση, πάντοτε με όρους ενότητας του λαού και όχι με διχασμούς και λαοσυνάξεις.»
Απαντώντας στη δημοκρατία για το θέμα της απομάκρυνσής του από το υπουργείο Παιδείας και για το εάν πιστεύει πως ασκήθηκε πίεση από την Εκκλησία, είπε πως αυτό που έχει σημασία είναι «ότι τα νέα προγράμματα των Θρησκευτικών, που αποτέλεσαν την αφορμή της αντιπαράθεσης εκ μέρους του Αρχιεπισκόπου, εφαρμόζονται κανονικά και τον Σεπτέμβριο θα σταλεί στα σχολεία το νέο υλικό για τη διδασκαλία. Δηλαδή η αξίωση ο διάλογος να γίνει από μηδενική βάση και να υπάρξει συναπόφαση Εκκλησίας-Πολιτείας τελικά εγκαταλείφθηκε, γιατί πέραν των άλλων ήταν εκτός του ισχύοντος νομικού καθεστώτος. Η μεγάλη πλειοψηφία των θεολόγων καθηγητών έχει αγκαλιάσει τη νέα προσπάθεια. Ο Φίλης μπορεί να έφυγε αλλά τα νέα προγράμματα έμειναν κι αυτό είναι το σημαντικό.»
