Την αντίδραση του Γενικού Γραμματέα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων Κωστή Παπαϊωάννου προκάλεσαν οι δηλώσεις του μητροπολίτη Χίου Μάρκου, και το χαρακτηριστικό «δεν υπάρχουν πρόσφυγες, είναι όλοι λαθρομετανάστες».
Το κήρυγμα μίσους, όπως το αποκάλεσαν πολλοί, το ανέφερε σε ρεπορτάζ η τοπική εφημερίδα της Χίου Ο Πολίτης, μαζί με μια ακόμα αποστροφή του λόγου του μητροπολίτη ότι «οι πολιτικοί έχουν κατεβάσει τα παντελόνια και προσκυνούν, έχουν παραδώσει τη χώρα». Παράλληλα, αναφέρθηκε στον από 30ετίας θεσμοθετημένο πολιτικό γάμο, λέγοντας για τους δημάρχους: «Δεν είναι δυνατόν να παντρεύουν ζευγάρια εκείνοι που μαζεύουν τα σκουπίδια μας».
Τα δημοσιεύματα που αφορούν τις δηλώσεις του μητροπολίτη Χίου ο Γενικός Γραμματέας Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων τα παρέδωσε τόσο στην Εισαγγελέα κατά του ρατσισμού, όσο και στην Εισαγγελία Χίου, προκειμένου να διαπιστωθεί αν ο ιεράρχης διέπραξε αξιόποινες πράξεις.
Ο κ. Μάρκος, πάντως, σε ανακοίνωσή του αναφέρει ότι τα όσα είπε περί «λαθρομεταναστών» αποτελούν φιλολογική ερμηνεία της λέξης, και τονίζει ότι για την Εκκλησία οι πρόσφυγες είναι εικόνες του Θεού, και τους συμπονεί και τους συμπαρίσταται.
