Νέες εκλογές για την ανάδειξη πρύτανη στο Αριστοτέλειο διέταξε το Γ’ Τμήμα του Συμβουλίου Επικρατείας, το οποίο με την υπ’ αριθμ. 4474/2104 απόφασή του ακύρωσε –για τυπικούς λόγους– την εκλογή και το διορισμό του Περικλή Μήτκα ως πρύτανη στο ΑΠΘ. Στο ΣτΕ είχε προσφύγει ο καθηγητής Ανδρέας Γιαννακουδάκης ζητώντας να ακυρωθεί η από 20/5/2014 απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία επελέγησαν ως υποψήφιοι για την εκλογή στο αξίωμα του πρύτανη στο ΑΠΘ οι καθηγητές Σ. Λογοθέτης, Π. Μήτκας και Ι. Παπαδογιάννης, ενώ ο ίδιος δεν συμπεριελήφθη. Η αίτηση του Α. Γιαννακουδάκη έγινε δεκτή από την επταμελή σύνθεση του Γ΄ Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας κατά πλειοψηφία, ακυρώνοντας την από 31/7/2014 απόφαση του υπουργού Παιδείας με την οποία διορίστηκε πρύτανης στο ΑΠΘ ο Π. Μήτκας.
Σύμφωνα με το ΑΠΕ-ΜΠΕ, οι σύμβουλοι Επικρατείας είπαν ουσιαστικά ότι η απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, η οποία εκδόθηκε χωρίς να προηγηθεί σχετική πρόσκληση προς τον εν ενεργεία πρύτανη του Ιδρύματος, είναι μη νόμιμη και για το λόγο αυτό την ακύρωσαν.
Το ΣτΕ ανέπεμψε την υπόθεση στο ΑΠΘ για να επαναληφθεί νόμιμα η διαδικασία, δηλαδή «προκειμένου το Συμβούλιο του Ιδρύματος (ΑΠΘ) να επαναλάβει τη συνεδρίασή του για κρίση των υποψηφίων προς εκλογή, αφού προηγουμένως καλέσει τον κατά τον χρόνο της ακυρωθείσης αποφάσεώς του (20/5/2014) πρύτανη του ΑΠΘ, αναπληρούμενο από τον νόμιμο κατά τον ανωτέρω χρόνο αναπληρωτή του, ο οποίος δεν κωλύεται».
