Το 2002 η Ακαδημία Αθηνών έχρισε έναν πρόεδρο διαφορετικό από όσους είχε μέχρι τότε: ήταν η πρώτη φορά που στη θέση αυτήν αναδεικνυόταν ένας ιερέας. Ο λόγος για τον (Κοζανίτη) Ιωάννη Ζηζιούλα, τον μητροπολίτη Περγάμου, «υπέρτιμο και έξαρχο κόλπου Αδραμυττηνού».
Υπήρξε ένας από τους πιο γνωστούς σύγχρονους Έλληνες ορθόδοξους θεολόγους, κατά τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο δε, ο κορυφαίος.
Ο Ιωάννης Ζηζιούλας γεννήθηκε στις 10 Ιανουαρίου 1931 στο Καταφύγιο Κοζάνης. Ήταν μαθητής του μεγάλου Ρώσου ορθόδοξου θεολόγου π. Γεώργιου Φλορόφσκι. Θεολογία σπούδασε στο ΑΠΘ και στο ΕΚΠΑ, από όπου αποφοίτησε το 1955. Δέκα χρόνια αργότερα, το 1965, εκπόνησε στο ίδιο πανεπιστήμιο διδακτορική διατριβή με θέμα «Η ενότης της Εκκλησίας εν τη Θεία Ευχαριστία και τω Επισκόπω κατά τους τρεις πρώτους αιώνας» και αναγορεύθηκε διδάκτορας.
Πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο πανεπιστήμιο Harvard και αναγορεύθηκε Μάγιστρος της Θεολογίας. Διατέλεσε καθηγητής δογματικής θεολογίας στο πανεπιστήμιο του Εδιμβούργου και συστηματικής θεολογίας στα πανεπιστήμια Γλασκόβης (1973-1987), Θεσσαλονίκης (1984-1998), King’s College του Λονδίνου, Ποντιφικό Γρηγοριανό της Ρώμης, και της Γενεύης.
Ήταν επίτιμος διδάκτορας της Θεολογικής Σχολής του Bελιγραδίου, του Institut Catholique και του Institut de Théologie Orthodoxe (St. Serge) του Παρισιού, του πανεπιστημίου της Cluj-Napoca της Ρουμανίας, του πανεπιστημίου του Münster της Γερμανίας, μέλος της Διεθνούς Ακαδημίας Θρησκευτικών Επιστημών των Βρυξελλών, καθώς και μέλος της Διοικούσας Επιτροπής του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου.
Στις 14 Ιουνίου 1986 χειροτονήθηκε διάκονος, και στις 15 Ιουνίου 1986 πρεσβύτερος, ενώ μία εβδομάδα μετά, στις 22 Ιουνίου, εξελέγη από τη Αγία και Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου «Μητροπολίτης Περγάμου, υπέρτιμος και έξαρχος κόλπου Αδραμυττηνού». Στις 3 Οκτωβρίου 2014 ανυψώθηκε σε Γέροντα Μητροπολίτη.
Το 1993 εξελέγη μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και το 2002 διατέλεσε πρόεδρός της.
Διατέλεσε συμπρόεδρος της Διεθνούς Επιτροπής του Επίσημου Θεολογικού Διαλόγου μεταξύ της Ορθοδόξου και της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, καθώς και της αντίστοιχης Επιτροπής του θεολογικού διαλόγου μεταξύ Ορθοδόξων και Αγγλικανών. Διατέλεσε επίσης διευθυντής του Γραφείου Eκπροσωπήσεως του Oικουμενικού Πατριαρχείου στην Aθήνα, από την ίδρυσή του το 2000 έως και το 2014.
Το 2003 ο τότε Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος του απένειμε τον Ανώτερο Ταξιάρχη του Φοίνικος, ενώ το 2007 του απονεμήθηκα από την Εκκλησία της Αγγλίας ο Σταυρός του Lambeth, μια εξαιρετική διάκριση προς ξένους εκκλησιαστικούς ηγέτες.
Ο μητροπολίτης Περγάμου συνέγραψε πολυάριθμες επιστημονικές μελέτες σε πολλές γλώσσες, ενώ αποτέλεσε τον κύριο εκπρόσωπο και εισηγητή της ευχαριστιακής εκκλησιολογίας στη σύγχρονη θεολογική σκέψη.
Το 2016 ήταν μέλος της αντιπροσωπείας του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Πανορθόδοξη Σύνοδο της Κρήτης. Υπήρξε ακόμη μέλος της Κεντρικής Επιτροπής και της Επιτροπής Πίστεως και Τάξεως του Παγκόσμιου Συμβουλίου Εκκλησιών.
Απεβίωσε στις 2 Φεβρουαρίου 2023, σε ηλικία 92 ετών, από επιπλοκές της COVID-19. Ενταφιάστηκε στο Α’ Νεκροταφείο Αθηνών.
Σε συνέδριο που πραγματοποιήθηκε στη μνήμη του μητροπολίτη Περγάμου τον Νοέμβριο του 2024, ο Οικουμενικός Πατριάρχης είχε πει, μεταξύ άλλων: «Η Αγία του Χριστού Μεγάλη Εκκλησία σεμνύνεται, ευλογηθείσα υπό του Θεού να έχη εις τας τάξεις των επισκόπων της τον υψιπέτην αετόν της θεολογίας Μητροπολίτην Περγάμου Ιωάννην, τον δυναμικόν εκπρόσωπόν της εις τας οικουμενικάς συναντήσεις, τον χαλκέντερον διαπραγματευτήν, ο οποίος εκαλείτο να αναλάβη δυσκόλους εκκλησιαστικάς αποστολάς, τον οξυνούστατον πρωτεργάτην και πρόεδρον εις τας Προσυνοδικάς Πανορθοδόξους Διασκέψεις και Ειδικάς Επιτροπάς. Εκαλείτο να εκφέρη την εκκλησιολογικήν του άποψιν επί τρεχόντων σημαντικών εκκλησιαστικών ζητημάτων, όπερ πάντοτε έπραττεν επισταμένως και μετά θεολογικής εμβριθείας».
Ο Ευάγγελος Βενιζέλος έγραψε γι’ αυτόν, μετά το θάνατό του: «Ο μακαριστός Γέρων Μητροπολίτης Περγάμου καθηγητής Ιωάννης Ζηζιούλας είναι ο ανανεωτής της ευχαριστιακής εκκλησιολογίας, ο βασικός εκφραστής της θεολογίας του προσώπου και ο θεμελιωτής της οικολογικής θεολογίας. Η καθοριστική συμβολή του στα τρία αυτά πεδία τον είχε αναδείξει εδώ και πολλές δεκαετίες ως τη διεθνώς εμβληματική μορφή της ορθόδοξης θεολογίας».
Αλλά και ο Νίκος Φίλης τον αποχαιρέτησε, γράφοντας:
«Στα χρόνια μας, εθεωρείτο ο μεγαλύτερος εν ζωή ορθόδοξος θεολόγος. […] Ο θάνατός του αφήνει δυσαναπλήρωτο κενό. Υπήρξε θεολόγος με οικουμενική ματιά, σε μια εποχή που οι εθνικισμοί και οι θρησκευτικοί φονταμενταλισμοί αλληλοδιαπλέκονται. Υπήρξε πρωταγωνιστής, ως εκπρόσωπος του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στο διάλογο μεταξύ των χριστιανικών Εκκλησιών και των θρησκειών.
»Διακρίθηκε για το βάθος του θεολογικού στοχασμού του, το σεβασμό στα πρόσωπα, την εναντίωσή του σε διακρίσεις εις βάρος των ανθρώπων για θέματα εθνικότητας, φυλής, φύλου κτλ., πιστός στην ευαγγελική προτροπή “ίνα ώσιν εν”. Είχα την τύχη να συνεργαστώ μαζί του και να εκτιμήσω την προσωπικότητά του, όταν ήμουν υπουργός Παιδείας. Ο Ζηζιούλας ευτύχησε να έχει άξιους μαθητές. Τους συλλυπούμαι θερμά, όπως και τους συγγενείς. Συλλυπούμαι επίσης το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το οποίο υπηρέτησε ήδη από την πατριαρχία Αθηναγόρα έως και σήμερα».
