Το ντέρμπι της Θεσσαλονίκης, μεταξύ Άρη και ΠΑΟΚ, ξεχωρίζει από το πρόγραμμα της νεοσύστατης League Phase του Κυπέλλου Ελλάδας, η κλήρωση της οποίας έγινε το μεσημέρι, σε κεντρικό ξενοδοχείο της Αθήνας. Οι 20 ομάδες που θα συμμετάσχουν θα δώσουν από τέσσερις αγώνες (δύο εντός και δύο εκτός έδρας) με διαφορετικούς αντιπάλους και στο τέλος θα προκύψει μία συνολική κατάταξη.
Οι τέσσερις πρώτοι προκρίνονται κατευθείαν στα προημιτελικά, ενώ οι ομάδες που θα τερματίσουν στις θέσεις 5-12 θα δώσουν νοκ-άουτ αγώνες πλέι-οφ, για να συμπληρωθεί η οκτάδα.
Η League Phase θα ξεκινήσει το τριήμερο 16-18 Σεπτεμβρίου, με τον κάτοχο του τίτλου Ολυμπιακό να μην αγωνίζεται στην πρεμιέρα, λόγω υποχρεώσεων στο Champions League. Ο Παναθηναϊκός θα φιλοξενήσει την Athens Kallithea, η ΑΕΚ θα παίξει εκτός έδρας με το Αιγάλεω και ο ΠΑΟΚ στη Λιβαδειά με τον Λεβαδειακό, ενώ ο Άρης θα δοκιμαστεί στο Αγρίνιο με αντίπαλο τον Παναιτωλικό. Εκτός του ντέρμπι της Θεσσαλονίκης, που θα γίνει την 4η αγωνιστική, στο πρόγραμμα ξεχωρίζουν οι αναμετρήσεις του Αστέρα Τρίπολης με τον Ολυμπιακό (2η), του Ατρομήτου με τον Παναθηναϊκό (3η) και της ΑΕΚ με τον ΟΦΗ (4η).
Στο πρόγραμμα προστέθηκε μία 5η αγωνιστική (16-18 Δεκεμβρίου) με τρία παιχνίδια, λόγω ευρωπαϊκών υποχρεώσεων του Ολυμπιακού, του Παναθηναϊκού και του ΠΑΟΚ.
Αναλυτικά το πρόγραμμα της League Phase του κυπέλλου:
1η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (16-18 Σεπτεμβρίου)
Ατρόμητος-Ελλάς Σύρου
Ηλιούπολη-Βόλος
Κηφισιά-Αστέρας Τρίπολης
Λεβαδειακός-ΠΑΟΚ
Μαρκό-ΑΕΛ
ΟΦΗ-Καβάλα
Παναθηναϊκός-Athens Kallithea
Παναιτωλικός-Άρης
Αιγάλεω-ΑΕΚ
2η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (23-25 Σεπτεμβρίου)
ΑΕΚ-Παναιτωλικός
ΑΕΛ-Λεβαδειακός
Αστέρας Τρίπολης-Ολυμπιακός
Athens Kallithea-ΟΦΗ
Άρης-Μαρκό
Βόλος-Ατρόμητος
Ελλάς Σύρου-Αιγάλεω
Καβάλα-Κηφισιά
ΠΟΤ Ηρακλής-Ηλιούπολη
3η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (28-30 Οκτωβρίου)
Ατρόμητος-Παναθηναϊκός
Ηλιούπολη-ΑΕΚ
Κηφισιά-Athens Kallithea
Λεβαδειακός-Αστέρας Τρίπολης
Ολυμπιακός-Βόλος
ΟΦΗ-ΠΟΤ Ηρακλής
Παναιτωλικός-Ελλάς Σύρου
ΠΑΟΚ-ΑΕΛ
Αιγάλεω-Άρης
4η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (2-4 Δεκεμβρίου)
ΑΕΚ-ΟΦΗ
ΑΕΛ-Ατρόμητος
Αστέρας Τρίπολης-Ηλιούπολη
Athens Kallithea-Καβάλα
Άρης-ΠΑΟΚ
Βόλος-Αιγάλεω
Ελλάς Σύρου-Ολυμπιακός
Μαρκό-Λεβαδειακός
ΠΟΤ Ηρακλής-Παναιτωλικός
Παναθηναϊκός-Κηφισιά
5η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (16-18 Δεκεμβρίου)
Καβάλα-Παναθηναϊκός
Ολυμπιακός-ΠΟΤ Ηρακλής
ΠΑΟΚ-Μαρκό
Η συνέχεια της διοργάνωσης
PLAY-OFF (6-8 Ιανουαρίου)
1. 5ος-12ος
2. 6ος-11ος
3. 7ος-10ος
4. 8ος-9ος
ΠΡΟΗΜΙΤΕΛΙΚΟΙ (13-15 Ιανουαρίου)
1ος-Νικητής 4
2ος-Νικητής 3
3ος Νικητής 2
4ος-Νικητής 1
ΗΜΙΤΕΛΙΚΟΙ (2-4 & 10-12 Φεβρουαρίου)
Νικητής Προημιτελικού 1-Νικητής Προημιτελικού 4
Νικητής Προημιτελικού 2-Νικητής Προημιτελικού 3
ΤΕΛΙΚΟΣ – 25 Απριλίου 2006 – ΟΑΚΑ.
