Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας (με πρόεδρο την Ευαγγελία Νίκα και εισηγήτρια τη σύμβουλο Επικρατείας Αικατερίνη Ρωξάνα), με την υπ’ αριθμ. 1919/2024 απόφασή της, έκρινε ότι η παύση λειτουργίας της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Θεσσαλονίκης και η μεταφορά των σπουδαστών της στην αντίστοιχη Σχολή της Αθήνας, δεν είναι αντίθετη με τις συνταγματικές διατάξεις περί επικρατούσας θρησκείας και θρησκευτικής ελευθερίας, αλλά εξυπηρετεί την ορθολογική και αποτελεσματική λειτουργία της δημόσιας διοίκησης.
Παράλληλα έκρινε ότι η μεταφορά των σπουδαστών από τη Θεσσαλονίκη στην Αθήνα δεν παραβιάζει την συνταγματική αρχή της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης του διοικουμένου – και στη συγκεκριμένη περίπτωση των εν ενεργεία σπουδαστών.
Τέλος, διαπίστωσε ότι δεν είναι νόμιμη η αδράνεια της διοίκησης να ρυθμίσει ζητήματα σχετικά με την κατάσταση των μεταφερόμενων σπουδαστών από τη Θεσσαλονίκη στην Αθήνα, όπως είναι τα υπολειπόμενα εξάμηνα φοίτησης, η κατοχύρωση βαθμολογίας, τα ζητήματα της στέγασης και σίτισης των φοιτητών, κτλ.
Αρχικά, τον Δεκέμβριο του 2023, το αρμόδιο Γ’ Τμήμα του ΣτΕ εξετάζοντας προσφυγή φοιτητή της Ακαδημίας ο οποίος θίγεται από τη μεταφορά της έδρας στην Αθήνα είχε εκδώσει απόφαση αντισυνταγματικότητας. Στη σχετική απόφαση γινόταν εκτενής αναφορά σε λόγους που συνδέονται με την υποβάθμιση της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης στη βόρεια Ελλάδα, αλλά η τελική κρίση είχε παραπεμφθεί στην Ολομέλεια.
