Ο Άγιος Ευγένιος γεννήθηκε, έζησε και μαρτύρησε στην Τραπεζούντα. Εκεί το 290 μ.Χ. ο δεύτερος –μετά τον ιδρυτή της, Απόστολο Ανδρέα– επίσκοπος της πόλης με τη μακραίωνη ιστορία, μαζί με τους μάρτυρες Κάνδιδο, Ουαλεριανό και Ακύλα φυλακίστηκε και υπέστη βασανισμούς από τους Ρωμαίους. Ο Άγιος Ευγένιος οδηγήθηκε σε βάναυσο θάνατο και έμεινε στην ιστορία του ελληνισμού και της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Ως ημερομηνία γέννησής του αναφέρεται η 24η Ιουνίου, οπότε επίσης εορτάζεται από την Εκκλησία.
Ο Χριστιανισμός τον 4ο αιώνα μ.Χ. είχε εξαπλωθεί σε όλη την επικράτεια του Πόντου. Όμως στα χρόνια του Αγίου Ευγενίου του Τραπεζούντιου, τον 3ο αιώνα, ήταν ακόμα δύσκολη η παραδοχή μιας νέας για τον ελληνικό και ρωμαϊκό κόσμο πίστης.
Οι αυτοκράτορες Διοκλητιανός και Μαξιμιανός εκείνη την περίοδο είχαν εξαπολύσει δριμείς διωγμούς κατά των χριστιανών. Το 290 μ.Χ. οι Εθνικοί της Τραπεζούντας είχαν καταγγείλει και τους τέσσερις διδασκάλους του λόγου του Χριστού στον έπαρχο της Καππαδοκίας Λυσία και της Αρμενίας Αγρικόλαο.
Ο Ακύλας, ο Κάνδιδος και ο Ουαλεριανός φυλακίστηκαν και πέρασαν όλη τη νύχτα προσευχόμενοι και ψάλλοντας ύμνους στον Θεό. Το πρωί στην ανάκριση, μπροστά στον έπαρχο Λυσία, για μια ακόμη φορά ομολόγησαν την πίστη τους στον Χριστό και οδηγήθηκαν στον τόπο των βασανιστηρίων.
Ο Άγιος Ευγένιος κατάφερε να κρυφτεί στο δάσος, όμως φανερώθηκε στους Ρωμαίους με την παρότρυνση του ίδιου του Χριστού, ο οποίος παρουσιάστηκε μπροστά του και τον κάλεσε να αναγγείλει την πίστη του.
Τότε ο Άγιος βγήκε από την σπηλιά όπου είχε βρει καταφύγιο και άρχισε να ψάλλει και να υμνεί τον Θεό. Μια γυναίκα που μάζευε ξύλα στην περιοχή τον κατέδωσε.
Ο Άγιος οδηγήθηκε στη φυλακή και ακολούθησε τη μοίρα των τριών ομοθρήσκων του. Στο κάλεσμα του έπαρχου Λυσία να προσφέρει θυσία στους θεούς των ειδωλολατρών για να σώσει τη ζωή του, ο Ευγένιος δεν ανταποκρίθηκε και ξανά ομολόγησε την πραγματική του πίστη. Η παράδοση λέει ότι ο Άγιος Ευγένιος μπήκε σε έναν ειδωλολατρικό ναό μαζί με τον Λυσία, και με τη δύναμη της προσευχής θρυμμάτισε τρία αγάλματα. Το πλήθος που τους ακολουθούσε ήταν έκπληκτο. Ο ίδιος ο Ευγένιος, ειρωνευόμενος τον Λυσία, επέμενε στα πιστεύω του.
Τους φυλακισμένους χριστιανούς τους μαστίγωσαν με μαστίγιο από δέρμα βοδιού για να σκιστούν οι σάρκες τους, και μετά με αναμμένες λαμπάδες τους έκαψαν τις πληγές. Ύστερα οι τέσσερις μάρτυρες ρίχτηκαν σε μια μεγάλη κάμινο – και τότε έγινε το θαύμα. Τρεις ημέρες αργότερα, οι μάρτυρες βρέθηκαν σώοι και αβλαβείς. Οι δήμιοι που πήγαν να ελέγξουν την κατάσταση είδαν το θαύμα με τα μάτια τους και ασπάστηκαν τον Χριστιανισμό.
Ο Λυσίας, παραβλέποντας τη θεία δύναμη, διέταξε τον αποκεφαλισμό των τριών μαρτύρων και τη σταύρωση του Ευγένιου. Τα τρία αποκεφαλισμένα σώματα, που είχαν παραμορφωθεί από τα βασανιστήρια και ήταν δύσκολο να αναγνωριστούν, ως εκ θαύματος βρέθηκαν στον τόπο της καταγωγής του καθενός και ετάφησαν από τους χριστιανούς με ιδιαίτερες τιμές.
Ο Άγιος Ευγένιος, που εκείνη την ώρα ήταν κρεμασμένος στο σταυρό, μέσα στη φυλακή, από θαύμα απελευθερώθηκε και θεραπεύτηκαν οι πληγές του.
Οι συγκρατούμενοί του, άφωνοι από το μεγαλείο του θαύματος, ασπάστηκαν και αυτοί τον Χριστιανισμό.
Ο Λυσίας απέδωσε το θαύμα της θεραπείας στις μαγικές ικανότητες του Ευγένιου και διέταξε τον αποκεφαλισμό του. Στον τόπο του μαρτυρίου, όπου και ετάφη ο Άγιος, αργότερα κτίστηκε ο γνωστός ναός του Αγίου Ευγενίου.
Η 21η Ιανουαρίου του 290 μ.Χ. δεν ξεχάστηκε από τους συντοπίτες του, τους Έλληνες του Πόντου, και από όλο τον χριστιανικό κόσμο. Ο Άγιος Ευγένιος είναι πολιούχος της Τραπεζούντας και του αποδίδονται πολλά θαύματα που βοήθησαν την πόλη στο διάβα των αιώνων.
Ο ναός του μετά την Άλωση της Τραπεζούντας από τους Τούρκους, το 1461 μ.Χ., μετατράπηκε σε τζαμί.
Σήμερα διασώζεται το κτήριο της εκκλησίας φέρνοντας αναμνήσεις στους επισκέπτες για το έντονα χριστιανικό παρελθόν της πόλης και όλου του Πόντου.
