Δύο πρόσωπα κοντά στο πατέρα Αντώνιο και με σημαντικό ρόλο στις δομές του Βόλου και της Πωγωνιανής Ιωαννίνων φέρονται να βρίσκονται στο επίκεντρο των καταγγελιών πρώην και νυν τροφίμων στην «Κιβωτό του Κόσμου». Όπως έχει διαρρεύσει στα μέσα ενημέρωσης ή έχει ανοιχτά σχολιαστεί στις αναρτήσεις του Χρόνη Χλίτσιου, σπουδαίου δύτη και πρώην εργαζομένου στη δομή του Βόλου, τα πρόσωπα αυτά κατηγορούνται για ξυλοδαρμούς, περιστατικά απομόνωσης και παρενοχλήσεις.
Ο «Πέτρος» και ο «Πασχάλης» ήταν παιδαγωγοί στις δύο δομές. Ο ένας είναι αλλοδαπός και ο άλλος απόφοιτος της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Αθηνών. Το 2020, ο ένας από τους δύο είχε εκλεγεί και στη διοίκηση της «Κιβωτού του Κόσμου» αλλά παραιτήθηκε στις αρχές Σεπτεμβρίου μετά την πρώτη καταγγελία για ξυλοδαρμούς στη δομή του Βόλου.
Σε μια από τις καταγγελίες, το φερόμενο ως θύμα κατέθεσε πως ο «Πασχάλης» του έκανε κακό και πως η σύζυγός του το γνώριζε. «Με έβαλαν να δουλέψω, να μην ξαναπάω σχολείο. Ο Πασχάλης και η γυναίκα του, ξέρουν τι μου έκαναν. Και άλλα δύο παιδιά ξέρουν που ήταν εκεί», δήλωσε μιλώντας στο Mega, πρώην τρόφιμος σε δομές της «Κιβωτού», περιγράφοντας ξυλοδαρμούς και περιστατικά απομόνωσης έως και 9 μήνες. Κατήγγειλε δε, πως όλες οι τιμωρίες και οι ξυλοδαρμοί ήταν σε γνώση του «Πασχάλη», ο οποίος ήταν παιδαγωγός στη δομή στην Πωγωνιανή Ιωαννίνων.
Μία πρώην φιλοξενούμενη στη δομή σε σχόλιο της σε ανάρτηση του Χρόνη Χλίτσιου, αναφέρεται στον «Πέτρο». «Εμένα με χτυπούσε ο Πέτρος ήμουν και εγώ στην Κιβωτό κάποτε», γράφει.
