Μπορεί η Αγια-Σοφιά της Κωνσταντινούπολης να ήταν το μνημείο που προκάλεσε τις περισσότερες αντιδράσεις όταν… έχασε τον μουσειακό του χαρακτήρα και μετατράπηκε σε τέμενος, ωστόσο από το 2013 ένας άλλος βυζαντινός ναός-μονή στην Τουρκία, αυτός στην πρωτεύουσα των Μεγάλων Κομνηνών, εξυπηρετεί τις θρησκευτικές ανάγκες των μουσουλμάνων.
Η Αγία Σοφία Τραπεζούντας τον Ιούλιο του 2020 άνοιξε ξανά μετά από διετείς εκτεταμένες εργασίες αναστήλωσης. Αν και τέμενος, συνεχίζει να λειτουργεί και ως μουσειακός χώρος και μάλιστα θεωρείται ένα από τα πιο σημαντικά σημεία της πόλης, προσελκύοντας χιλιάδες επισκέπτες.
Η κύρια εκκλησία της μονής σε σχήμα τετράγωνου σταυρού, με τρεις αψίδες και ανάλογα κλίτη, είναι έργο του Μανουήλ Β΄ Μεγάλου Κομνηνού (ή του άμεσου διαδόχου του, αν χρησιμοποιήθηκε ως χώρος ενταφιασμού του), ενώ ο πύργος υπήρξε κτίσμα του Ιωάννη Δ΄ Μεγάλου Κομνηνού – ορισμένοι διατείνονται ότι ήταν το παρατηρητήριο μιας τοπικής σχολής αστρονόμων.
Στον περίβολο του μνημείου, που πλέον είναι σαν υπαίθριο μουσείο, εντοπίζονται υπολείμματα παλαιών κτηρίων, ενώ εκτίθενται διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη.
Κατά τον Α’ Παγκόσμιο, η Αγία Σοφία της Τραπεζούντας που είχε προκαλέσει το θαυμασμό των περιηγητών και των ερευνητών, χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη και αργότερα ως νοσοκομείο, ενώ μετά τη Γενοκτονία των Ποντίων και τον ξεριζωμό μετατράπηκε σε τέμενος.
Από το 1958 έως το 1962 εργάστηκαν για την αποκατάσταση του μνημείου επιστήμονες από το Πανεπιστήμιο του Εδιμβούργου, οι οποίοι έφεραν στο φως τις τοιχογραφίες με θέματα από την Καινή Διαθήκη που χρονολογούνται στο τέλος του 13ου αιώνα. Το 1964 άρχισε να λειτουργεί ως μουσείο.
Το 2012 ξεκίνησε μια δικαστική περιπέτεια, καθώς η τοπική Διεύθυνση Βακουφίων κατέθεσε μήνυση κατά του υπουργείου Πολιτισμού και Τουρισμού της Τουρκίας ισχυριζόμενη ότι υπάρχει παράνομη «κατάληψη» του μνημείου. Η θετική δικαστική απόφαση άνοιξε το δρόμο για την πρώτη μουσουλμανική προσευχή, στις 5 Ιουλίου 2013.
Ακολούθησε μία ακόμα δικαστική μάχη, κατόπιν μήνυσης της Ένωσης Αρχιτεκτόνων Τραπεζούντας, αλλά παρά την απόφαση του δικαστηρίου για επαναφορά του μουσειακού χαρακτήρα του μνημείου, ουσιαστικά τίποτα δεν άλλαξε.
Κατά τις αναστηλωτικές εργασίες που ολοκληρώθηκαν το 2020 πάνω από το μωσαϊκό τοποθετήθηκε γυάλινο δάπεδο για την προστασία του –καλύπτεται με χαλιά κατά τη διάρκεια της προσευχής–, ενώ στον τρούλο μπήκε αναδιπλούμενη ψευδοροφή.
