Ο Σύλλογος ιδρύθηκε το 2003 ως σύλλογος Βορειοελλαδιτών Σύρου και Αθλητικός Σύλλογος «Ο Μέγας Αλέξανδρος». Σύμφωνα με το καταστατικό, μέλη του ήταν κάτοικοι της Σύρου που κατάγονταν από τη Μακεδονία και τη Θράκη. Στην πορεία ο σύλλογος σχεδόν αδρανοποιήθηκε.
Χρονιά ορόσημο για να αναγεννηθεί ήταν το 2010, και συγκεκριμένα ο Φεβρουάριος οπότε και πραγματοποιείται εκδήλωση τιμής στον μεγάλο Θρακιώτη μαθηματικό Κωνσταντίνο Καραθεοδωρή. Τον Μάιο της ίδιας χρονιάς ανέβηκε θεατρικό του Νίκου Λυγερού για τη Γενοκτονία.
Τον Σεπτέμβριο του 2011 ο σύλλογος δημιούργησε τμήμα ποντιακών χορών και έναν χρόνο μετά συμμετείχε για πρώτη φορά στην παρέλαση της 28ης Οκτωβρίου στη Σύρο.
Επόμενο βήμα ήταν η τροποποίηση του καταστατικού. Ομόφωνα αποφασίστηκε να συμπεριληφθεί το όνομα του Πόντου και να μην γίνει ένας αμιγώς ποντιακός σύλλογος καθώς στο νησί ζουν ελάχιστοι ποντιακής καταγωγής. Το λάβαρο του Συλλόγου Ποντίων και Βορειοελλαδιτών Σύρου έχει στη μέση τον αετό και δεξιά-αριστερά τη Θράκη και τη Μακεδονία.
