Μπορεί ο Νίκος Φίλης να αποχώρησε από το υπουργείο Παιδείας και από την κυβέρνηση συνολικά αλλά… η κληρονομιά του έμεινε και συνεχίζει αν προκαλεί αναταράξεις. Αποτέλεσμα η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων και δέκα γονείς και θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας να ζητούν από το ΣτΕ να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικές οι αποφάσεις του τέως υπουργού Παιδείας με τις οποίες επέρχεται αλλαγή στο χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών σε Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο.
Θεωρώντας ότι οι εν λόγω αποφάσεις είναι αντίθετες στη νομολογία του ΣτΕ, οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι με τις αποφάσεις Φίλη πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των Θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».
Στις προσφυγές τονίζουν ότι οι υπουργικές αποφάσεις έρχονται σε αντίθεση με πολλά άρθρα του Συντάγματος, μεταξύ των οποίων και της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης.
Τέλος ισχυρίζονται ότι οι χριστιανοί ορθόδοξοι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο, δικαίωμα που αντιθέτως απολαμβάνουν οι ετερόθρησκοι και ετερόδοξοι μαθητές, όπως προσθέτουν οι γονείς, που κατέθεσαν την προσφυγή.
